阿蒙霍特普四世用一个古老的神“阿吞”（Aten）代替了阿蒙神，将阿吞神提升为全国最高神。他下令关闭阿蒙神庙，不允许崇拜阿蒙神和其他一切地方神，只有阿吞神是唯一可以崇拜的神。他为阿吞神建造新的神庙，没收阿蒙神庙和其他一切神庙的财产，将其转交给阿吞神庙。阿蒙霍特普四世的名字也改为埃赫那吞（Akhenaten，又译阿肯那顿），意为“阿吞的光辉”。
埃赫那吞改革的核心问题是对阿吞神的崇拜，阿吞是栩栩如生的太阳圆盘。在阿玛尔纳出土的界碑以及柏林博物馆保存的家庭石碑上，我们都可以看到阿吞太阳圆盘伸出的带有生命符号的手掌，分别指向埃赫那吞和王后，似乎表明阿吞对他们的祝福。
另外，埃赫那吞还下令营建新的都城埃赫塔吞（Akhetaten，意为“阿吞的地平线”）。他用4块界碑将埃赫塔吞整个城市围绕起来。埃赫那吞在新都大兴土木，建筑王宫和阿吞神庙等。在埃赫那吞统治的第六年，埃赫那吞迁都至新都埃赫塔吞。埃赫塔吞就是现在埃及的阿玛尔纳遗址，如今这里已经成为贫穷的乡村。
埃赫那吞的改革习惯上称为宗教改革，其实改革并不囿于宗教领域，还涉及文学和艺术等方面。他的改革促成了一种新的艺术风格的诞生，这种风格一改过去埃及艺术死板和枯燥的特点，呈现出一种自由、生动、写实、浪漫和优美的风格。埃赫那吞企图以对阿吞神的崇拜完全取代原有的对阿蒙神的崇拜是不现实的。因为在埃及，对阿蒙神的崇拜与王权的结合已经盘根错节，错综复杂，非一日之久。埃及人民对阿蒙神的崇拜已在心目中扎下了深深的根基。埃赫那吞突然下令禁止对阿蒙神的崇拜，人们在心理上是难以接受的。另外，阿蒙神祭司集团势力煊赫一时，想彻底铲除他们的势力不太容易。据记载，改革的反对者甚至组织过暗杀埃赫那吞的行动，但没有得逞。埃赫那吞在阿玛尔纳的生活是不平静的，他的生命曾受到威胁，保存在阿玛尔纳警察总长马浒的墓碑上有记载，他为自己制止了这次阴谋行动而自豪。