埃及是一个宗教信仰根深蒂固的国家。萨达特深谙借助宗教势力来维护自己的统治。他大力倡导伊斯兰教，以争取宗教势力和广大群众的支持。萨达特宣称“科学和宗教信仰”是国家的两大支柱，要在埃及建立一个“基于宗教信仰和科学的新社会”。1971年《宪法》首次规定“伊斯兰教法律体系是立法的主要来源之一”。1980年宪法修正案改为“伊斯兰教法原则是立法的主要来源”，进一步突出了伊斯兰教法在立法方面的地位。此外，在国家政治生活中，伊斯兰教的影响也日益扩大。大学和工厂中建立伊斯兰教委员会，以取代社盟的青年组织；电台增加了播放《古兰经》的节目时间；电台和电视台每天必须按时中断节目5次，召唤人们进行祷告，议会也要暂时休会，以便议员叩头祷告。萨达特坚持在每次演讲中引用一段古兰经文作为结束语。
在政府的大力倡导下，伊斯兰势力迅速壮大起来。穆斯林兄弟会是埃及最大的伊斯兰群众组织。萨达特年轻时曾加入穆斯林兄弟会。1954年10月，穆斯林兄弟会的一名成员企图暗杀纳赛尔，导致近3000名成员被捕。萨达特执政初期，深感势单力孤，他意识到穆斯林兄弟会有一定的群众基础，因此希望能得到穆斯林兄弟会的鼎力相助。于是，他主动与穆斯林兄弟会和解，逐步释放了其全部被关押成员，允许其逃往国外的成员回国，批准穆斯林兄弟会的喉舌《宣教月刊》复刊，企图借他们之手剪除异己，加强个人统治。穆斯林兄弟会在群众中，特别是在学生和政府机关中大量发展成员，萨达特对此深感不安。值得注意的是，穆斯林兄弟会年轻一代成员对老一代成员表示不满和失望，希冀另谋出路，这一切为伊斯兰教原教旨主义极端分子组织的诞生提供了温床。萨达特打开“潘多拉盒子”后，欲收不能，这些秘密的伊斯兰教原教旨主义极端分子组织对他构成了最大威胁。在萨达特时代，伊斯兰教原教旨主义极端分子组织主要有伊斯兰解放组织、赎罪与迁徙组织和新圣战组织，这些组织的成员大多是从穆斯林兄弟会中分裂出来的极端分子。
随着萨达特政权推行的开放政策和对以色列媾和，伊斯兰势力与萨达特政权逐渐疏远，并不断与当局发生冲突和对抗。伊斯兰极端组织更是磨儀霍霍，策划一系列暴力恐怖活动。面对濒临失控的政局，萨达特再次作出了激烈反应。1981年9月2日，萨达特突然下令大逮捕。一夜之间，“凡是曾经和萨达特发生过激烈争议的人全部被捕”。据萨达特本人讲，共逮捕了1536人，包括伊斯兰教原教旨主义极端分子组织和穆斯林兄弟会的成员804人，科普特教领导人107人等。但也有人称，被捕文职人员共约5000人，军官约50人，而遭软禁者竟达4万人之多，紧张气氛顿时弥漫全国。
这次大规模镇压行动在国内外产生了巨大反响。毋庸讳言，萨达特精心树立的民主形象轰然倒地。伊斯兰教原教旨主义极端分子更是对他恨之入骨。萨达特总统的杀身之祸已日益逼近。