1517年马丁·路德于维滕堡贴出九十五条反对教权的论纲,随后与罗马决裂,教皇将其开除教籍。自此,西欧开启了漫长的宗教冲突。断断续续的血腥战争持续数个世纪,并因为政治斗争而变得更加复杂。这些都足以撕裂各种共同体,给人们带来痛苦。其中,最大的受害者是那些希望安稳度日之人,他们完全不希望自己的生活受到神学的影响。伊拉斯谟和他后来的欣赏者、追随者在一切场合明确反对这种破坏。但是,他们通常也会发现自己很难阻止这种事情发生。
最开始时,伊拉斯谟对路德的遭遇表示了一定的同情。他认为,教会应该用更明智谨慎的方法来处理对其权威地位的挑战。伊拉斯谟在1519年提出,在这种时候徒呼“异端”能得到什么呢?
任何让他们不高兴、让他们不理解的人都是异端。懂希腊文的人是异端,言谈优雅的人也是异端。一切他们没做过的事都是异端……谁不明白这些人的立场和他们想做的事情呢?一旦放松对其邪恶激情的约束,他们就会开始不加区别地攻击每一个好人。
另一方面,他也遭到了路德的谴责和攻击。路德是一位天生的叛逆者和战士,但伊拉斯谟不是。他认为,“用礼貌的方式来处理一个本质上十分尖锐的问题,远比以恶意对待恶意更有意义”。对伊拉斯谟来说,谦恭有礼就是一切:它并不只是社交场上的假面具,而是所有相互尊重与和谐的重要基础。他跟路德在神学上也有不一致的地方,特别是在关于人类的自由意志方面。(伊拉斯谟仍然跟教会保持一致,相信人类可以自由选择自己的道路,或善或恶;路德则认为,我们没有这种意义上的自由,而且通向拯救的唯一道路在于上帝的恩赐。)