解释某事（比如，描述在人们参加灵修时，他们的大脑里会发生什么）与辩解某事并非同一件事。科学和神学是独立的研究领域。科学家研究物质和力，神学家研究灵魂。这两个学科并不相交，因为两者关心的是不同的主题。灵魂是非物质的，如果灵魂确实存在的话。灵魂既不包含费米子，也不包含玻色子。虽然科学可以从物质层面解释精神现象（比如，当某人经历宗教体验的时候，这个人的大脑中的哪个部分正处于活跃状态），但是它并不能提供任何证据来证明这些现象是否具有超自然方面的起因。
这就像是人类遭遇狮子时，人类大脑会有的反应。我们很可能会见到杏仁核（负责产生恐惧情绪的区域）活动的增加，但在我们观看关于狮子的视频或者听到对狮子的生动描述的时候，我们的杏仁核活动同样可能增加，就像我们亲眼见到了狮子一样。同样地，如果人们声称自己见到了上帝，并且他们在讲述这段经历时，大脑中的某些结构出现了活跃行为，科学就会无法判定这种反应究竟是由于神灵真的出现了，还是由于某些物质领域可以解释的东西。
尽管我们可以就神秘体验给出科学解释，并探索为何我们应该认真对待这些体验，但是我们没办法解释神秘现象为什么会出现，因为这是个关于信仰的问题，超出了科学研究可以涉足的领域。本书同样会用《圣经》来阐释接下来会提到的一部分观点。但正如神经科学家研究大脑的时候并未处理灵魂的问题那样，本书在谈到《圣经》的时候会将其作为处理超自然问题的最重要的西方文献来对待，而不会处理其是否基于神启的非科学问题。
唯物主义可能是也可能不是对客观现实最为精准的描述，但它怎么都不是对主观体验的精准描述。对人类来说，主观体验是对一个充满了灵魂的世界的体验。