肉类和奶酪可能是两种食用最多的高脂食物。先看奶酪，每个胆固醇偏高的人都对“少吃或不吃奶酪，服用他汀类降脂药”此类医嘱很熟悉。奶酪含有30%～40%的脂肪，大部分是人们认为有害的饱和脂肪。剩余的是多不饱和脂肪和单不饱和脂肪，只有约1%是胆固醇。
法国人食用大量的奶——每人每年24千克，几乎是英美人均消耗量（13千克）的2倍。法国人食用的奶酪大部分是商店买来的真正块状奶酪，而不像美国或英国（英国的情况比美国好一点）来自加工食品中含有的奶酪成分。20世纪70年代这一差异更大，当时英美两国的消耗只有现在的1/3。1962年，戴高乐总统曾感叹道：“一个拥有246种奶酪的国家要如何治理？”
戴高乐总统以不符合他个性的谦虚低估了奶酪品种的丰富程度：法国现有奶酪品种大概是这个数字的2倍（英国的品种则多达800），其中许多的传统制作工艺受法律保护，像红酒分级一样拥有原产地控制命名标志。销量最好的10种奶酪中至少有4种是未消毒的奶酪。法国人认为这会使奶酪具有更好的口感和风味。法语中有27个词来描述奶酪的不同口感，区分繁杂的分类。奶酪中含有各种各样的微生物，如细菌、酵母、真菌等几百种生物，以及上千种已知和未知的菌株。
奶酪的制作工艺越是偏手工化，生产条件越不灭菌，内部和表面的微生物的种类就越多样。几百种天然微生物、酵母和霉菌，特别是奶酪外皮上的微生物，赋予手工奶酪比工业产品更浓郁的口感和完美的质地。尽管别的国家对此生产方式仍有疑虑，但很少有由手工奶酪引起的食物中毒事件发生。法国的奶酪研制产业规模庞大，支撑着全球奶酪销售市场，研究人员已经开始认真研究微生物的作用。毫不意外，法国的奶酪研究中心发布的主要是关于奶酪的正面报道。
一些临床试验证实，给服用抗生素的病人食用奶酪制品，有助于维持肠道微生物活性，而抗生素通常会杀死大量的健康肠道菌群。与经过灭菌的工业化生产奶酪相比，未经巴氏灭菌的硬奶酪在与抗生素共同使用时，能加快病人的痊愈，减少耐药性的产生。由此推断，奶酪中的微生物有助于维持肠道微生物的多样性。

不久前我去法国萨瓦地区拜访朋友，人们向我讲述了使用沿续了百年的配方制作传统高山孔泰奶酪（Comté）的过程。解说花了1小时（边喝酒边品尝奶酪），基本步骤包括将冷牛奶和热牛奶在春日的山间进行露天混合（其他种类的奶酪会添加酶类），这会破坏牛奶中的蛋白，使之结块并与脂肪结合，然后将凝乳用细麻布网过滤，去除部分水分，最后把过滤物储存在潮湿地下室的木架上，地下室里有装满乳清和盐水的大缸。人们用布蘸上盐水，反复擦拭乳块表面，使奶酪表面布满细菌和真菌组成的微生物，发酵改变奶酪的酸度和口感。对法国奶酪的丰富口感来说，关键的是擦拭奶酪的布所蘸取的液体——比如说过去会使用马尿使奶酪变酸，并产生独特风味。
大部分真正的奶酪都是自然老化熟成的（包括像切达奶酪一样的硬奶酪），外壳上长有另外一种微生物：奶酪螨。这种微生物体型较大，高倍放大镜下肉眼可见。这些贪婪的家伙以奶酪和其中的微生物为食，形成小孔洞，增加奶酪的风味，不过在奶酪出售前会通常被清扫干净。有一种米莫雷特奶酪（Mimolette）运到美国时，表面爬满了小螨虫，直接被卫生官员禁售。在其遭禁后，一种亮橙色奶酪——陈年荷兰豪达奶酪（Gouda）的一种17世纪法国仿品，在黑市热卖。奶酪食客们喜爱外皮的泥土气息。在一段YouTube视频上可以看到胖乎乎的透明虫子大吃奶酪，视频配有警告：“看过此视频后，面对法国奶酪，你可能胃口尽失。”
奶酪螨证明奶酪是有生物活性的——它是充满了微生物的活体，从常见于牛奶中的乳酸菌到给羊奶干酪（Roquefort）和斯蒂尔顿奶酪（Stilton）带来美味蓝色花纹的酵母和真菌。美国食品药品管理局（FDA）“英明”地决定奶酪中含有活菌，有健康隐患（相比之下枪支倒比较安全），而禁止由未灭菌的牛奶制作的奶酪，比如孔泰、勒布罗匈（Reblochon）和博福尔（Beaufort）奶酪在美国销售。近期他们甚至宣布将对那些在难以灭菌的老式木质表面上存放熟成的奶酪采取同样的措施。

我很想知道法国悖论能否从法国人因日常食用奶酪从而摄入了大量有益微生物这种情况中得到解释，因此我拿自己及实验室的4位志愿者同事做了大量摄入奶酪的实验。我想用最好的法国奶酪来实验，以获取多种微生物，为此我咨询了我家本地奶酪店里的一位专家。
讨论（并品尝）几天后，他为我挑选了三种未灭菌的奶酪：莫城布里奶酪（Brie de Meaux），口感浓郁的蓝纹羊奶干酪和一款带臭味、流质、熟成时可用汤匙舀取的伊泊斯奶酪。我每天要吃大量奶酪——180克（一大份是30克）。为了助食并遵循法国传统，我每天喝两杯上好红酒，饿了就再喝三盒酸奶。平常我每周会吃一到两次奶酪，实验前一周我没有吃，以便收集粪便标本，检测三天大量奶酪饮食前我的菌落水平。
对我这样一个奶酪热爱者来说，实验看来不过是小菜一碟。第一天的早餐很轻松——黑面包配上一大片莫城布里干酪，午餐是饼干夹羊奶干酪加一个苹果，冲淡奶酪的强烈气味，晚餐是沙拉和美味的伊泊斯奶酪配面包和红酒——太完美了。第二天食谱也一样，早餐很容易就吃完了，羊奶干酪午餐让我有点难以消化，可能是因为它的脂肪含量高达31%，晚餐的奶酪吃起来仍然美味，但我开始觉得有些腹胀。
等到第三天，我觉得解脱了，实验终于快结束了。从早上开始我就有些胀气，因为吃的蔬果减少了，我一连几天都便秘，尽管总热量并没有超限，但我感觉很饱。每天光吃奶酪，我就摄入了800千卡，还有45克饱和脂肪量，远超过“推荐剂量”，这还不算吃的其他食物和酸奶。实验结束后两个星期，我继续采集粪便样本，观察奶酪中微生物所带来的改变能持续多长时间。
直到十年前为止，探查微生物的唯一方法只有将其培养成肉眼可见的菌落。人们必须将其接种到培养皿上培养数周——过去我们以为粪便中只有少数几种细菌，后来发现只有1%的肠道微生物能在培养皿上生长，而这些都是致病菌（pathogens）。新出现的基因测序技术改变了这一方法，检测出了其余99%的肠道微生物，它们大多数都对人无害。
当我的合作伙伴罗伯·奈特（Rob Knight）从科罗拉多实验室发回测试结果时，我已经迫不及待了。他们从标本中提取了所有微生物的DNA，利用基因测序技术检测了所有细菌都拥有的唯一共同基因——16S基因。每种细菌都有独特的16S基因型，可作为区分的标志。通过分析，大约1000种细菌被分成不同的种属，而后研究人员可以比较不同人体内的细菌分布。
我的肠道微生物的基准结果有点出人意料：我粪便样本中的微生物组成更接近委内瑞拉人，而不像大部分美国人。最常见的两种肠道细菌是拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）细菌。我的厚壁菌门细菌的初始数量比我想的要多。一个难题是奶酪中的微生物能否安全通过胃酸和小肠到达大肠。人们曾以为胃酸的酸性足以杀死任何细菌，好在这些奶酪中的微生物没有全部阵亡。施行奶酪饮食一天之后，肠道菌群就出现了变化，主要是一些种类的乳酸菌和青霉菌数量明显增加。

在停止食用奶酪后，乳酸菌的作用又持续了几天，然后肠道菌群慢慢恢复到正常水平。这说明如果不持续补充，奶酪中的微生物无法在肠道存活。这一结果与哈佛大学的彼得·特恩博（Peter Turnbaugh）所开展的一项更为详尽的实验结果相近，他跟踪观察了6名志愿者，让他们以肉类和乳制品为食（后面会谈到）。两周后，我的肠道菌群多样性稍有增加，而且差异有统计学意义，这是一个好消息。然而，另外4位志愿者的实验结果与预想的并不一致，有些人的肠道菌群根本没有变化。
不管饮食如何，每个人体内的微生物都是个体独有的。这一实验表明，人体内微生物的组成差异巨大，而且这可能是人们对同样的事物反应迥异的原因。

克里特人的村庄位于山区地带，与世隔绝，贫穷落后。大部分人以放羊或打渔为生。尽管条件艰苦，几乎没有医疗设施，但村民中有许多百岁老人。基斯和同事当时没有说明的是他们食用大量的动植物油和乳制品。我的一名遗传学家同事埃莱·热吉妮（Ele Zeggini）在五十年后，更详尽地研究了一部分村庄样本。她发现这些村庄互相差异很大，彼此隔绝，有独特的方言和风俗习惯。
基斯的研究范围之外有一个名叫安诺其亚的村子（在希腊语中是高处的意思），只有5000多人。它位于伊迪山（Idi）北段3000英尺的高处。村民们很少吃鱼，每天会吃大量的山羊奶酪和酸奶。和几十年前相比，他们饮食的唯一变化就是现在条件有所改善，能经常吃肉（一般是羊肉），而过去只在特殊的日子才吃。他们现在也变懒了，400码的路也要开车。
村民们参与了一项全国性营养状况研究，定期体检并抽血化验，他们的血胆固醇偏高（略高于5毫摩尔/升），理论上说，他们与北欧人相似，没有希腊其他地方居民健康；可尽管他们也会患癌症，但和其他地区的希腊人不一样，他们不会得心脏病。
埃莱的团队发现大部分村民都有变异的APOC3基因，这是血液中的“好”脂质转运蛋白高密度脂蛋白浓度较高而“坏”的甘油三酯浓度较低的原因，使得他们尽管食用高脂食物却免受心脏病袭击。这个封闭、部分近亲通婚繁衍的村庄与地球另一面一个同样食用大量奶酪及其他乳制品的特殊人群有共同之处——美国的阿米什人（Amish）。不可思议的是，阿米什人也有这一罕见（少于五万分之一）的基因变异。
上述故事表明，人们或许可以在相对较短的时间适应特殊的饮食和环境。比如摄入大量高脂的肉和牛奶、饮用鲜血的东非马赛人，或者仅以发酵的牛奶和肉类为食的蒙古游牧人。
基因会发生变异，微生物也能适应环境。细菌每20～30分钟就能繁殖一代，因此比人类适应要快。我没有检测“奶酪披萨”丹，他身上可能有喜爱奶酪的突变基因，他肠道里肯定有乐于以奶酪为食的细菌。微生物信息不会显示在标签上，所以我们无从猜测达美乐披萨店的奶酪里面还有多少活菌。显然芝士馅料是用冷冻的奶酪和淀粉做成的。不过除非你很清楚自己的基因和肠道微生物，我不推荐人们只吃奶酪披萨。

工业化生产的奶酪是牛奶在美国和欧洲滞销后形成的“牛奶湖”的副产品。这一工艺由大型食品加工公司如卡夫公司发明。上世纪50年代，他们研发出了将保质期只有几个月的奶酪运往美国各地的方法。他们的畅销商品有Cheez Whiz，这是一款亮橙色酱汁，和手工奶酪没有半点相似之处。制作工艺包括烹煮和搅拌奶酪，或者添加化学制剂使脂肪和牛奶结块。最后的无菌成品可以添加到几乎任何食物中，增加风味和黏稠度。
与这款酱汁搭配最完美的是世界上最受欢迎的食物——披萨。令人担忧的是，它正逐渐成为美国人饱和脂肪的主要来源（占14%），人们从中摄取了1/3的总热量，1/3的美国年轻人每天都吃披萨。很难想象现代披萨仅仅在1889年才在那不勒斯诞生（为玛格丽特王后制作）并于1905年才传到美国。现在人们吃的披萨不是意大利常见的手工制作披萨，而是廉价的加工冷冻食品。这一产业的规模仅在美国就超过了400亿美元。有些家喻户晓的品牌，面饼里头和面饼上边都加了大量奶酪，一块就含有14克脂肪和340千卡热量。低廉的价格和稳定的性能，使人们将这种奶酪添加到各种食物中。
20世纪70年代以来，美国人的奶酪消耗量增加了4倍，但讽刺的是，因为担心其中的脂肪含量，同期人们饮用牛奶的量却下降了。尽管这与政府制定的饮食指南相悖，但美国农业部和农民们却很满意这种现状。“正宗”美式奶酪披萨的出口销量也大规模增长，特别是在邻国墨西哥更是快速扩张。

另外一种制作奶酪的非传统方法是用身体上的细菌来发酵牛奶。你可以为自己量身定制一款奶酪。你只需要用棉棒擦拭腋下、肚脐眼和脚趾缝，把收集到的细菌与牛奶混合，再加点乳酸菌，喊一声“变”，一款私人的个性化奶酪就制作完毕。来自加州大学洛杉矶分校（UCLA）的克里斯蒂娜·阿加帕奇斯（Chiristina Agapakis）和挪威的感觉艺术家一起合作，为都柏林的一项名为“自作”（Selfmade）的展览完成了这些作品。这些奶酪看起来和常规的牛奶或山羊奶奶酪没有区别，每一块都以贡献了身体细菌的人命名。用来制作普通奶酪的细菌是生活在我们身体表面幽暗而不常洗到的部位的细菌的近亲。
制作臭名远扬的林堡奶酪用的细菌和汗脚的人脚上的细菌是同一种（亚麻短杆菌，Brevibacteria linens），正是它的繁殖引起脚臭。身体表面的细菌组成决定了你会不会招引某种动物。蚊子感觉非常敏锐，不同种类的蚊子会对某些细菌产生的气味避之不及，而对另外的气味趋之若鹜，这可以解释为什么有些人天生不怕咬。最近的一项实验室研究中，我们那些“幸运”的英国双胞胎受试把双手放进装满了蚊子的塑料球中，随后实验人员统计他们被叮咬的次数。结果很不一样，证明招蚊体质真的是天生。
UCLA的团队发现，嗅觉是非常主观的。在一项嗅觉对照研究前，他们预先告知受试一些信息。那些事先被告知细菌闻起来像奶酪的受试声称气味很好闻，而另一些受试被告知这是从身体上收集来的细菌，他们就表示气味令人恶心。克里斯蒂娜品尝了她自己的“肚脐细菌发酵的奶酪”，觉得“吃起来和普通奶酪一样”。现在用身体细菌制作的奶酪还没有成为日常饮食的一部分，不过谁知道呢，也许作为一种终极“自拍”，有一天它会流行起来。

20世纪早期，具有创新精神的俄国免疫学家埃黎耶·梅契尼科夫（Elie Metchnikoff）是第一个认真研究酸奶的人。他是一位杰出的科学家，因为证明白细胞有抗炎作用而非对人有害，而与科学家保尔·埃尔利希（Paul Ehrlich）共享了1908年的诺贝尔奖。他开创性地提出，正如白细胞一样，人们一直误认为细菌总对健康有害，而实际上微生物和人类之间存在共生关系。他提出“肠道微生物菌群是我们生命之火过早熄灭的主要原因……人们有望在20世纪解决这一难题”。
他观察到保加利亚农民食用大量当地产的酸奶，尽管生活清贫但却长寿。在这一基础上，他提出了自己的理论。这一理论如今看来似乎顺理成章，但在当时却前所未有——身体健康状况与寿命长短密切相关。他认为衰老是由有害肠道细菌产生的废弃物引起的，食用乳酸（由牛奶和酸奶中的细菌生成）可以抵抗老化，延年益寿。此后他给自己开出方子，每天饮用酸奶。他比两任不怎么爱喝酸奶的妻子都要长寿，在位于巴黎的巴斯德研究所工作直到71岁去世。
他的追随者之一是伊萨克·卡拉索（Isaac Carasso），一名富有的犹太裔加泰罗尼亚人。一战前正在巴尔干半岛工作的卡拉索听闻了梅契尼科夫的研究，意识到这其中的商机。他设立的工厂后来成为全球性的食品公司——达能公司，价值约350亿欧元。另一名追随者是日本的代田年（Minoru Shirota）医生，20世纪20年代他在京都工作，寻找预防感染的药物。他培养出了名为益生乳酸菌的特殊菌株，并且毫不谦虚地用自己的名字将其命名为“代田干酪乳杆菌”（Lactobacillus casei Shirota）。他的商业才华成就了养乐多（Yakult）品牌1935年全球的大卖。我们不知道他每天喝多少酸奶，不过他直到85岁才去世。
如今，全球范围内希腊酸奶的产量激增给生态坏境带了负面影响。过滤后的酸奶所剩的乳清蛋白因为酸性太强，无法用常规方法倾倒处理，否则会造成动植物死亡。在美国东北部，1.5亿加仑（约5.69亿升）的有害乳清蛋白蓄积成湖，等待处理。环保人士正在实验将它们与牲畜粪便混合，利用微生物发酵使之产生甲烷，这种混合物的气味可能不太好，但说不准哪一天酸奶的副产品就能用来发电。
尽管乳制品中含有“不健康”的饱和脂肪，热量也高，但矛盾的是，乳制品或许有助于减肥。几个比较含乳与不含乳饮食方案的试验都发现，含乳饮食组比不含乳饮食组减重稍明显，但这是在两组都同时限制热量摄入、同时都在试图减重的情况下。而且，含乳饮食组减掉了更多的身体脂肪，而增加了肌肉的含量。这说明乳制品中的某些成分可以减少内脏脂肪。如果这一推论属实，将是减肥的额外收获。尽管饱和脂肪的含量是否重要仍无定论，但其中含有的微生物可能是很关键的。

所有的酸奶中都含有大量能发酵牛奶的细菌——乳酸菌或叫乳酸杆菌、乳杆菌，前面我们已经认识过它。它们能消化乳糖。酸奶中细菌的数量、种类、天然含有或人工添加了哪些其他的菌种都千差万别。大多数酸奶中的细菌都不是通常定植于我们肠道中的。这些所谓对肠道有益的细菌大量添加进食品，据称会有益健康，这时这些细菌就称为“益生菌”（probiotics）。
益生菌如今是一个庞大的产业。向酸奶和其他乳制品中添加益生菌究竟有没有功效现在仍有很大争议。益生菌一般单独在健康食品商店出售，可用于减轻抗生素的副作用或缓解肠胃不适；还有一些据称能提高人体免疫力，广告中宣称的功效也五花八门。市场上出售的益生菌大部分是乳酸菌或者双歧杆菌（bifidobacteria）。
真正证明益生菌功效的不是酸奶广告，而是如何预防抗生素引发的严重甚至致死性疾病的研究。抗生素引发的疾病见于高度易感的早产儿或年老体弱的病人。抗生素广泛用于控制少数致病菌大量繁殖引发的感染，效果通常很好，但同时也带来了一些负面作用：有益菌被杀死，体内细菌的组成也被改变。这会让某些致病菌失去天敌，大量增殖，攻城略地，甚至对最强效的抗生素都变得耐药。
许多酸奶中添加了乳酸菌和双歧杆菌，医生建议人们饮用酸奶预防肠道感染——难辨梭状芽孢杆菌（Clostridium difficile，简写为C.diff）感染。相当一部分住院病人，特别是女性和老人，接受抗生素治疗后都会患上该病。最近的一项荟萃分析收集了21项临床试验后发现，服用益生菌3周，就能将风险降低60%。尽管预防效果并不是百分之百，但平均来看，每8例预防性服用益生菌的病人中，就有1例免于感染，因此补充益生菌非常划算。
不过，街面和网络上益生菌的销售没有得到有力的监管，除了疗效夸大，还有些产品含有受污染的细菌甚至完全失活的死菌，或者活菌数量不达标。在这些因素的影响下，欧洲和美国当局取消了酸奶厂家在未开展更确切的试验前即可投入生产的规定。这使得生产厂家陷入了类似第22条军规的尴尬局面：食品卫生部门用药品的标准来管理益生菌，而为了证明产品有益健康，厂家需要花费数百万美元，提供严谨的证据说明产品的有效性和安全性。酸奶厂家辩称，益生菌属于食品，如果一款新麦片问世，食药监督管理局难道会要求厂家提供临床试验结果？目前为止，双方争执不下，而关于益生菌功效的大规模试验看来也遥遥无期。
一项归纳了数个益生菌试验的荟萃分析显示，没有证据表明益生菌对健康有一致的益处，这可能是因为试验失败、试验规模较小或为时较短。而针对一种特殊菌株罗伊氏乳杆菌（Lactobacilus reuteri）的试验是唯一的例外，试验证明它能改善家族性高胆固醇血症（前面提到的遗传性高血胆固醇）患者的症状。