早期饮用牛奶的人的优势可能并不在于他们可以从牛奶中获取蛋白质和能量，而在于通过饮用牛奶增加了肠道菌群的丰富程度，从而增强了免疫力，改善了健康状况。很难解释为什么其他人身上没有产生基因突变，特别是在东亚，只有1%的中国人有乳糖突变基因。这可能与气温较高令生牛奶很快变质，不再适合饮用，否则会引起感染有关。但这一理论无法解释为什么茹毛饮血的非洲马赛人拥有这种突变。
另一个无法解释的事实是10%的北欧人体内没有突变基因，缺少乳糖酶，但其中许多人仍然可以喝牛奶，不会有任何不适。而另一些有乳糖基因突变的人却仍然乳糖不耐受。这该怎么解释？乳糖不耐受是一种常见症状，表现为食用牛奶或乳制品后出现腹胀、胃痉挛、腹痛腹泻。像美国这样拥有欧洲、亚洲和非洲等多样性基因的国家乳糖不耐受发生率很高，据某广告网站的数据，约有4000万人有乳糖不耐受症。但事实上很难早期或者准确地做出诊断，因此实际发病率仍不明了。
有1/5的英国人声称他们饮用牛奶后会觉得恶心、腹胀，但只有不到1/3的人有确切的症状或者得到了诊断的证实。要知道在药物试验中，20%服用安慰剂的受试者会声称他们有胃部不适。许多症状与缺少乳糖基因关系不大，而一些症状与乳糖不耐受试验结果并不一致，在该检查中，医生会给患者饮用50克乳糖，观察其对呼吸或血糖的影响。医生认为大多数乳糖不耐受是心理因素的影响。即使这些人并不缺少乳糖基因或者乳糖不耐受试验结果为阴性，我们也可以认为他们“自认为”乳糖不耐受。这部分人对乳制品的排斥是毫无必要的，还导致越来越多的人特别是儿童钙摄入不足和维生素D缺乏。
之前人们所关注的都是与牛奶中碳水化合物（乳糖）的消化有关的问题，但牛奶中的蛋白也会引发一些身体反应，特别是过敏。一家澳洲公司发现了牛奶中酪蛋白的微小基因差异，并且瞄准了其中的商机。转基因牛可以产出不同种类的牛奶比如低脂奶早已不是新闻。大部分牛奶中含有A1型酪蛋白，但有些奶牛的牛奶中含有A2型，并且口感没有差别。对于对普通牛奶中的A1型酪蛋白过敏的人来说，已经有了转基因牛产的含有A2型酪蛋白的牛奶可供选择。我觉得这一做法只是转移了问题，还是等待时间来证明吧。