奴隶贩子根据买家对年龄、身体条件、性别，甚至种族的需求挑选非洲人。糖料种植园主偏爱15至30岁强壮健康的男性，但对于哪个部落最适合当奴隶意见不一：许多人认为阿坎人叛逆但能力强，伊博人温顺但容易自杀。非洲人原有的职业并不重要，奴隶贩子会抓捕他们能抓住的所有人，无论是农民、渔夫、猎人、工匠、商人、家仆、巫师、抄写员、酋长，还是贵族。曾有两位王后被卖为奴隶，一位是由于继子猜忌，另一位是因为丈夫猜疑。奴隶贩子偶尔会收到“特别订单”，例如牙买加糖料种植园主约翰·科普的妻子莫莉曾特别指明要购买“一个大约12岁的伊博女孩，小脚，不弓形腿，牙没被锉过，手小而长、手指细长，等等，用作缝纫女工（原文如此）”。
这些非洲人在登船之前会经历一个分拣过程，这决定了他们的命运。船上的外科医生或其他船员会对俘虏进行检查，看看他们是否有断牙、皮疹或其他疾病症状等缺陷。如果四肢畸形或手指缺失，那么这些（幸运的）俘虏可能就会被拒收和释放。
这种检查的目的既是挑选，又是羞辱。赤裸的奴隶被迫跳跃和进行其他运动。外科医生会命令他们张开嘴巴，并且“会用最细致的眼光去检查男女的隐私部位”。一名检查人员将被俘的非洲人推来扭去，还不时戳刺几下，“毫不留情地挤压胸脯和腹股沟”，据说这样做是为了排除那些睾丸下垂的奴隶。奴隶贩子经常掩饰自己的商品，比如遮掩年纪大一些的奴隶灰白的头发或干裂的皮肤，因此被剃光毛发并涂了油脂的睾丸是可疑的。通过分拣的奴隶会被烙铁打上烙印，然后被赶到等候的运奴船上。
男性奴隶占了整船人口货物的三分之二。他们被铐起来，推入甲板下方空气窒闷的货舱里。前奴隶奥劳达·埃基亚诺回忆说，这些舱室是“绝对致命的”。无论是“紧密地挤在一起”，还是“松散地挤在一起”，奴隶们都被限制在极其狭小的空间内。官方规定的运奴船为每个奴隶提供的“空间大小”是“5英尺长、11英寸宽、23英寸高”。在大多数运奴船上，奴隶被迫待在满是呕吐物、尿液和粪便的船舱里，像勺子一样紧贴着彼此睡觉。妇女和儿童不用戴上镣铐，他们被另行关押。而受到粗暴对待、营养不良的水手还会虐待和强奸妇女。
在奴隶们处于如此悲惨困境的情况下，船长们追求的是最大利润，这意味着他们的货物要能够存活并处于适合销售的状态，死去的奴隶意味着损失。为了避免这种情况，他们试图实施所谓的卫生和健康措施，这些措施都是由一名手持九尾鞭的奴隶监工监督执行的。卫生措施包括强迫奴隶刮掉污迹、冲洗肮脏的船舱。保证健康的方式是将奴隶赶到甲板上，强迫他们锻炼和跳舞，这些活动往往是荒诞不经的。

图16 奴隶们挤在像“布鲁克斯”号这样的运奴船上肮脏的货舱里，痛苦地忍受中央航路这段跨大西洋的旅程。幸存者会将“船伴”视为血亲。
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