一般认为，特洛伊遗址包括九座跨度达四千多年的城市，对每个城市的简介如下：
特洛伊1城：始建于公元前3000年左右，这是一个小城堡，城堡里有约二十座长方形泥砖建筑物，城堡有周长约九十米的防御城墙。地势较高的特洛伊1城拥有居高临下的战略位置，并可通过达达尼尔海峡进入海上贸易路线。
特洛伊2城：约建于公元前2500年，特洛伊2城沿着特洛伊1城城堡加建了一些泥砖屋，以容纳不断增长的人口。城堡有两道门保护，并有被称为大厅的大型长方形建筑，这些建筑是城市的宗教和政治中心。特洛伊2城可能毁于大火。
特洛伊3城—5城：特洛伊2城毁灭之后，此定居点进入衰落时期。人们对特洛伊3城、4城和5城的信息知之甚少，只知道它们变得更小、更坚固，并完全局限于城堡内部。在度过一段相对隔绝的时期后，一个新的城市，特洛伊6城，约在公元前1900年出现了。
特洛伊6城—7城：青铜时代的大型城市特洛伊6城和7城由巨大的防御墙、塔楼和沟渠保护，城内大约有八千名居民。城市的经济以贸易和家庭手工业为中心，如纺纱、织布和用贝壳制造紫色染料。
特洛伊8城:约公元前1100年，特洛伊7城被遗弃后，在公元前700年左右又重新出现特洛伊8城，这是一座希腊化的城市，名为伊利昂。卫城、广场和神庙是那一时期希腊城市的典型建筑。
特洛伊9城：公元前85年伊利昂被罗马人洗劫，成为罗马城市，由将军苏拉（Sulla）部分重建。奥古斯都大帝（emperor Augustus）后来把伊利昂建成了一座大城市，它一直延续到公元324年左右。之后君士坦丁堡建立，特洛伊进入最后的衰落时期。​

图注：特洛伊九城地图。