果糖的代谢过程与葡萄糖很不一样，这种差异正是引发担心的原因。大部分果糖都在肠道被吸收，并且直接进入肝脏转化成葡萄糖、能量或脂肪。但和葡萄糖不一样，它促胰岛素释放的作用较弱。起初，盲目自信的医生推荐糖尿病患者吃含有果糖的糖果，事实上这个主意很糟糕。
果糖的确与葡萄糖的代谢不同，但它会扰乱传递给脑的进食信号。人们还不清楚葡萄糖和果糖的分解产物如何和肠道微生物相互作用，但许多运动饮料中含有大量果糖，从而引起越来越多的胀气、腹胀和其他不适。这种果糖不耐受与基因有关，人无法正常代谢果糖，使其在血液中蓄积，浓度越来越高。而这种情况在自然界中是不可能发生的。
基于对葡萄糖和果糖代谢差异的了解，科学家在啮齿动物身上开展了一系列无法在人体内进行的实验。实验结果表明与垃圾食品和高脂饮食一样，果糖也会引发大鼠体内微生物的有害变化——引发脂肪肝，而抗生素能逆转这一作用。用大量果糖喂养啮齿动物，其内脏脂肪会急剧增加。人体随机对照试验的结果没有动物试验显著，但几个月后实验对象都出现了代谢改变和内脏脂肪囤积。人们可能低估了果糖和饮料引起内脏脂肪增多的作用，而这一作用可能是造成诸如中东等地区糖尿病流行的原因，这些地区的人大量饮用饮料，外表看上去并不胖。他们被称为TOFI（外瘦内胖），代谢状况都非常不佳。
水果中含有大量的果糖，那我们是不是应该担心吃大量水果的危害呢？目前还没有相关的确切研究，不过证据表明食用水果比直接食用果糖要健康。一项针对425名旅居巴西从而拥有较高糖尿病风险的日本人的研究表明，爱吃水果的实验对象有正常的胰岛素水平高峰，而从含糖饮料中摄入等量果糖的人会出现两个胰岛素高峰。另外一些规模较小但更详尽的研究也得出了相似的结论。研究同时表明水果中的其他成分发挥了一定保护作用。这有可能是水果中含有的纤维素，后面我们会谈到。
食用或者饮用任何种类的糖都有害健康，而以液态形式摄入的糖危害更大，哪怕是那些宣称“天然健康”的果汁。然而，尽管对果糖表示担忧的声音越来越多，但目前没有确凿证据表明果糖是健康的大敌、人们应将其摒弃。诚然，果糖的代谢和对身体的影响与葡萄糖不同，理论上说，它的危害可能比葡萄糖更大，但别忘了，大量食用葡萄糖也会引起脂肪堆积。