三洞宗元，是以“三元”为宇宙混沌之始。“道”气衍化为三元，即第一混洞太无元；第二赤混太无元；第三冥寂玄通元。由三元变化为三气，即始、元、玄三气，再由三气化生万物。其造化开辟的过程是，混沌之前，是元气之始；元气运行，而后有了天地；再由始、元、玄三气化生万物。
三洞宗元作为“道”化万物的信仰宗元，还有其更重要的一面，就是三元即三宝君。第一是从混洞太无元化生的天宝君，第二是从赤混太无元化生的灵宝君，第三是从冥寂玄通元化生的神宝君。三宝君分别治于三清境，故三宝又称三清。天宝君治在玉清境，即清微天，其气始青；灵宝君治在上清境，即禹余天，其气元黄；神宝君治在太清境，即大赤天，其气玄白。而三元皆本同道气，所以，三宝君的名号虽殊，却本同于一。
三宝君在道教中的全称是玉清元始天尊、上清灵宝天尊、太清道德天尊（太上老君），他们是道教中的最高尊神，是神明之宗，造化之祖。同时还是经教之教主，为道教传下了三洞三十六部真经。天宝君说十二部经，为洞真教主；灵宝君说十二部经，为洞玄教主；神宝君说十二部经，为洞神教主。三洞合成三十六部尊经。三洞经又各有垂教的对象，以合乎学道修道的品级。开始入道修学之人，始入仙阶，登无累境，故初教以洞神宝经。其次智渐精胜，既进中境，故中教以洞玄灵宝经。最后即登上境，智用无滞，故上教以洞真天宝经。其目的都是通过经教文化，诱俗修仙，从凡证道。三洞又总成七部，即洞真、洞玄、洞神、太玄、太平、太清、正一，后四者为辅经，太玄辅洞真，太平辅洞玄，太清辅洞神，正一总辅通贯。道教统称为三洞尊文、七部玄教。故后世《道藏》的编纂，就是以“三洞四辅”来分体系的，并构建起了以“三洞宗元”为信仰的经教体系。