中央航路这段旅程没有任何卫生和健康可言。食物和水总是供应不足，尤其是当船只为了满载奴隶要等上几个月时。这些非洲人痛苦又绝望，或者病得厉害，经常拒绝进食。水手们会采取强迫喂食的方式，哪怕在此过程中会弄断奴隶的牙齿或者使他们被食物噎住。疾病、自杀和暴行造成至少200万人死亡。在有些船上，一小部分人死去；其他船只抵达时则满是奄奄一息的奴隶，死者早已被抛到了船外。曾有船长运送700名非洲奴隶，抵达时有320人丧生，他诅咒这些奴隶是“一群比猪还恶心的家伙”。
除喂养、供水、锻炼和以其他方式维持奴隶存活的挑战之外，船长们还需面临奴隶暴动的威胁。有超过100万人参加反叛，每10艘奴隶船中就有1艘发动起义。一名船长指示说，“让（奴隶）一直戴着镣铐，双手要捆住，以防他们暴动或跳海”。运奴船成了由武装水手看守的“浮动的监狱”。水手们将自己的人口货物视为充满敌意和危险的。
非洲妇女在运奴船航行途中发动的反叛中发挥了显著作用。这些妇女没有被捆缚，有时还能从强奸她们的水手那里获取有用信息，她们鼓励、提醒反抗的男性首领，并向他们提供重要情报。这些暴动从非洲海岸就陆续发动了，持续整段航程。历史学家戴维·理查森了解到485起暴动，其中93起是非洲人从岸上袭击运奴船，392起是船上的奴隶起义。手无寸铁的反抗者很少能获胜，但每一次起义都是反抗和仇恨的宣言，为奴隶的新生活定下了基调。
一段时间（从五周到两三个月不等）后，新的生活开始了。奴隶贩子会清洗和修饰他们的货物（奴隶），准备售卖，比如给过于瘦弱的人喂食，给他们刮胡子，给年纪大一些的奴隶涂抹油脂，尽可能掩盖坏血病、疥疮和梅毒造成的破坏，甚至堵住感染了痢疾的奴隶的肛门。有些奴隶贩子会让自己的商品穿上廉价的衣服，另一些奴隶贩子则任由奴隶们赤身裸体。
潜在的买家会戳刺或挤压奴隶的四肢，检查他们的生殖器和身体上的每一处孔口。他们会仔细查看奴隶的口腔内侧，看看这些人的牙龈或嘴唇是否显得异常苍白，牙齿是否被磨尖了，白人普遍不太喜欢这种非洲风俗，他们认为这种风俗非常野蛮。巴巴多斯的种植园主臭名昭著，因为他们检查时偏好抓握大胸脯的女奴。
在船上或者岸上的临时奴隶囚笼里展开的奴隶买卖是中央航路阶段的恐怖高潮。奴隶们通常是以“争抢”或“燃烛式拍卖”的形式被卖掉。埃基亚诺描述了当买家冲向或“争抢”自己选中的奴隶、尖叫着并抓住他们时奴隶经受的恐惧。在“燃烛式拍卖”中，买主不停竞价，直到蜡烛烧短一英寸。黑人和白人目击者永远都不会忘怀奴隶们被买走，不得不与家人、朋友分离时令人心碎的哀号。