虽然牛顿实践过的占星术极少，炼金术却是他极为热爱的事物之一。在某种意义上，牛顿与迪伊及其之后的不少人一样，也在寻求着这个世界多样的表象下潜藏的物质和因果规律的统一。另外，与其他许多人一样，牛顿也将贤者之石（见图9.5）视作揭示宇宙统一性的钥匙，并不断寻求着它。如上所述，近年来人们对牛顿的炼金术研究的看法有了根本性的转变，不再将它视作某种偏离正常的行为，或是伟人身上羞耻的缺点，转而认为炼金术才是牛顿的研究和思想的中心。牛顿将大量时间花在实验室里，他先是在三一学院的房间里安装了两个冶炼炉（想想如今的学校健康与安全官员对此会有何反应是很有趣的），而后又设法移居到学院入口附近的一座小屋里，扩展了他的活动范围。他用了多年时间来进行实践研究，同时也阅读了大量作品，它们的内容跨度极大，从赫尔墨斯主义到笛卡尔的著作。

图9.5 牛顿针对贤者之石的特性所画的草图

对牛顿来说，物理学和炼金术的思想都是得出关于宇宙的基本真理的工具，而且牛顿有可能是在寻找一种基本理论，以便理解整个宇宙的运作方式；在人类最早期的历史上，或许在人类堕落之前，他们曾经知道这样的理论，牛顿觉得自己是在恢复远古的智慧，而非发展出某种新的。在追寻这些兴趣时，牛顿关注的重点部分地集中在转化上。他区分出了机械的过程和植物的过程，后者的目标更直接，能调动植物的各个组成部分，令其生长、成熟并死亡；而牛顿和其他炼金术师在寻找的，正是发生在微观结构层面上的物质转化方式，它类似于植物生长并调动起各个组成部分以变成全新形态的方式。炼金术一直承诺，能让人以同一种方式同时理解生命和逐渐显现的机械论宇宙——就像植物从种子的形态逐渐长大，或许在物质中也同样根植着微小的“胚芽”，能让化学物质直接生长，变成性质上截然不同的其他事物。