《忏悔录》中的一些句子可以更生动地说明基督教时代伊始对知识的心态。在个人叙述的最后一卷即第10卷中，奥古斯丁描写了他皈依12年后的心境，并恳求上帝帮助他克服仍在纠缠他的各种诱惑形式：肉体的欲望，他在醒着时能够抵制，在睡觉时却不行；享受食物的诱惑，而非视其为一种必需的药物，“直至汝消灭食欲和血肉的那日”；芳香气味的诱惑，对此他还很能抵御；从教堂音乐中获得的耳朵的愉悦，有“被歌唱感动而不是被赞颂的东西感动”的风险；“各种形式的美丽、绚丽夺目的色彩”对眼睛的诱惑；还有倒数第二个，“为了获知而去认知”的诱惑：
此时此刻，我要提到另一种形式更为多样也更加危险的诱惑。因为除了令我们所有的感官愉悦的肉体欲望之外——那些臣服于肉体欲望的奴隶们，因远离了你（上帝）而变得消瘦，直至毁灭——在人的心灵之中，通过那些相同的感官，也会产生某种虚荣的欲望和好奇心，并非贪图身体上的愉悦，而是凭借身体的辅助，假借学习和知识的名义，去体验。……愉悦追求的是视觉、听觉、嗅觉、味觉、触觉上美好的东西；但是为了体验而产生的好奇心可能会追求相反的事物，不是为了体验不愉快，而不过是渴望体验以及发现。……由于这种好奇心的病症，你会看到剧院里演出的各种怪异表演。因此，人们开始研究关于自然的现象——我们之外的自然部分——尽管这种知识对他们没有价值：因为他们只是为了知道而想知道。……
在这陷阱密布、危机四伏的广阔森林里，我已经斩断了心中的许多罪恶，因你赐给我的力量，我的救主；然而，何时我才敢于说——诸如此类的事情在我们每日的生活周围熙熙攘攘——何时我才敢于说这样的事情无法再引诱我去关注它，或是因徒劳的好奇心去渴望它呢？当然戏剧不再吸引我，我也不想去了解星体的运动轨迹……
但他还没有成功地从人心中剔除对知识的罪恶渴望。
与之相反，他贴近到了一个危险的距离。

与其他的早期教父相比，奥古斯丁仍然是最开明的。生活在他之前一个世纪的圣拉克坦提乌斯决定摧毁地球的形状是圆形的观点，并取得了巨大的成功。他的《神学要义》第3卷题为“论哲学家的虚假智慧”，包含所有反对对跖点存在的幼稚论证——人不能头朝下倒着走路，雨雪不能从下往上落——这要是在700年前，任何受过教育的人都不可能讲这样的道理而不让人笑话。拉丁文《圣经》的翻译者圣杰罗姆毕生都在抵抗想要阅读异教徒经典著作的诱惑，直到他最终击败了“哲学家的愚蠢智慧”：“主啊，如果我再拥有任何世俗的书籍，或者要是我再读这些书，我就否认了你。”直到大约9世纪末，毕达哥拉斯时代的1500年之后，地球是圆的和对跖点可能存在的观点才得以恢复。
这一时期的宇宙论直接回到了巴比伦人和希伯来人的时代。有两个主要观点占主导地位：地球的形状如同圣幕；天空被水包围。后一个观点基于《创世纪》第1章第6—7节：
神说，诸水之间要有空气，将水分为上下。神就造出空气，将空气以下的水，空气以上的水分开了。事就这样成了。
从这段话可以得出这个概念，即天上的水位于天空之上，其目的——如圣巴西略②曾解释的那样——是保护宇宙免受天火。圣巴西略的同时代人塞维利亚努斯进一步解释说，下层天空由晶体状或“凝结”的水构成，使天空不会被太阳和星星点燃；在天空之上的液态水能使它保持冰凉，到了最后的审判日，上帝会用天空之上的水来熄灭所有的灯火。奥古斯丁也认为土星是最凉爽的星球，因为它最接近上层水域。对于那些否认在天空之上会存在比较重的水的人，他指出在人的头颅里也存在液体的黏液。还有人反对说，天空的球面及其运动会引起水的滑落或泼洒，而一些教父解释说，天空的穹顶可能在内部是圆形的，在外部却是平坦的，或者有凹槽和管道可以将水容纳在里面。

还有一个观点也正在传播，即天空本身不是圆形的，而是如帐篷或帐幕的形状。塞维利亚努斯引用《以赛亚书》第40章第22节，神“铺张穹苍如幔子，展开诸天如可住的帐篷”。也有其他人和他说法相似。然而，教会的教父和圣师们对这些世俗的事务并不十分感兴趣，不愿深入探究。中世纪早期的第一个全面的宇宙系统，注定要取代从毕达哥拉斯到托勒密的异教徒天文学家的教导，这就是修士科斯马斯撰写的著名的《基督教世界风土志》。科斯马斯生活在6世纪，出生于亚历山大里亚，作为商人和海员，他曾走遍已知的世界，包括阿比西尼亚、锡兰和印度西部，赢得了“印度旅行者”（Indicopleustes）的称号。他后来成为一名修士，并在西奈的一所修道院里写下了他的巨著。
该书共12卷，第1卷题为“反对那些想要信奉基督教，却像异教徒一样思考和想象，认为天是球形的人”。《出埃及记》中描述的圣幕是长方形的，长是宽的两倍：因而地球就该具有相同的形状，在宇宙底部从东到西纵向放置。它周围环绕着海洋，就像摆放陈设饼的桌面被波浪形的边界所包围那样。海洋被第二个地球包围，这是天堂的所在地，也是在挪亚越过海洋之前人类的家园，但现在无人居住。从这个荒芜的外层地球的边缘升起四个垂直的平面，这是宇宙的墙壁。它的屋顶是一个半圆柱体，立于北墙和南墙之上，使宇宙看起来像是一个半圆形活动营房，或是一个带弧拱盖子的维多利亚式旅行箱。
然而，这个屋子的地板也就是地球，并不是平坦的，而是从西北到东南倾斜的——因为《传道书》第1章第5节中写道，“日头出来，日头落下，急归所出之地”。因此，像幼发拉底河和底格里斯河一样流向南方的河流比朝“上坡”流动的尼罗河流速更快，朝南和朝东航行的船只比那些必须朝北和朝西“攀升”的船只航行的速度更快；后者因此被称为“徘徊者”（lingerers）。星星被天使们携着在宇宙苍穹下的空中环绕，当它们经过地球朝上倾斜的北部时，那里有一个巨大的圆锥形山顶，这时星星就被遮住了。这座山在夜晚也遮住了太阳，因为太阳比地球小许多。

在公元999年，当时最有成就的古典学者、几何学家、音乐家和天文学家热贝尔，登上教皇的宝座，成为西尔维斯特二世。这种危险进一步减小了。4年后他去世了，但是这位“魔术师教皇”给世界留下的印象如此强大，以至于他很快就成了传奇。尽管他是一个罕见的人物，远超时代，但他的教皇地位在公元1000年这个充满象征意义的年份，标志着中世纪最黑暗时期的结束，以及对古代异教科学态度的逐渐转变。从此刻开始，地球为球形，处于太空的中心位置，被行星包围，这些观点逐渐地再次为人接受。更重要的是，大约同一时期的几份手稿表明，赫拉克利德斯的“埃及”系统（其中水星和金星是太阳的卫星）已被重新发现，而且这些行星轨道的详细图纸在初学者中流传。但它们并没有对当时的主流哲学产生任何显著的影响。
因此，到公元11世纪时已经形成的宇宙观，大致相当于公元前5世纪的宇宙观。希腊人花了大约250年的时间，从毕达哥拉斯发展到阿里斯塔克斯的日心说系统；而欧洲花了两倍多的时间才实现从热贝尔到哥白尼的相应发展。希腊人一旦认识到地球是一个飘浮在太空中的球体，几乎立刻就让这个球动了起来；而中世纪匆忙将它冻结在严格的宇宙层级的中心，一动也不动。确定下一个发展形态的不是科学的逻辑，也不是理性的思想，而是一个象征着时代需求的神话概念：帐幕宇宙终于被金链的宇宙取代。

马克罗比乌斯有一段话经常在中世纪被引用，在其中他总结道：
因为，从至高的神产生灵，从灵产生了灵魂，之后神依次创造了万物，并将它们注满生命……因为万物都按此顺位连续，依次退化到这个序列的最底层，因此，细心的观察者会发现各部分之间的联系，从至高的神往下到最底层的残渣，都一路连接下去，持续不断。这就是荷马所说的金链，他说，神令金链从天上悬至地面。
马克罗比乌斯所说的类似于新柏拉图主义的“流溢说”，后者可追溯到柏拉图的《蒂迈欧》。太一（The One），最完美的存在，“不能封闭在自身体内”；它必须要“溢出”并创造出理念的世界，这随之又会在宇宙灵魂中创造出它自身的摹本或图像，产生“有感觉的和处于植物状态的生物”，依次按照下降的序列，直至“最后的残渣”。这仍然是一个下降而退化的过程，与进化观念完全相反；但是，由于每一个被创造的存在最终都是神的流溢，以一种随距离增加而逐渐减少的方式来分享神的本质，所以灵魂总是会朝着源头努力向上。

亚里士多德的生物学在约公元1200年被重新发现，其中关于明显分离的自然领域之间的所谓“连续性原则”变得尤其重要：
自然从无生命向有生命逐渐过渡，其连续性使它们之间的界限难以区分；常有同时属于两种序列的中间类别。植物紧随在无生命体之后，而植物在分有生命的程度上也彼此不同。这一类别的整体与其他物体相比，显然是有生命的；但与动物相比，则似乎是无生命的。从植物到动物的过渡是连续的；人们可能会质疑某些海洋生命形态是动物还是植物，因为它们中有许多都附着在岩石上，如果与岩石分离就会死亡。
“连续性原则”使我们不仅可以根据“完美程度”“灵魂力量”或“潜能的现实化”等标准，将所有生物在层级结构中进行排序（当然，这些标准从未被确切地定义）；它还使我们可以将链条的两半——月下区域和天上区域——连接成一个连续的单独个体，而无须否认它们之间的本质上的区别。圣托马斯·阿奎那在人的双重本质中发现了这连接的一环。在所有存在的连续性中，“总是发现较高种属的最低成员与较低种属的最高成员相邻”，这种说法适用于植虫类动物，因为它们是半植物、半动物，也适用于人类，因为人类同等程度地具有两个类别的特征，因为他触及了有形体的阶层之上的最低级成员，换句话说，人的灵魂，它位于有理智的生命序列的最底层，因此，被称为物质的事物和属灵的事物之间的分界线。

链条就这样连接起来，从神的宝座向下连至最卑贱的蠕虫。它进一步向下延伸，穿过四元素的层级结构进入无生命的自然。如果找不到明显的线索来确定物体的“完美程度”，占星术和炼金术就通过建立“对应关系”和“影响作用”来提供答案，这样每个行星都与一周中的某一天，某种金属，某种颜色、石头、植物等相关联，这规定了它们在层级中的等级。再向下延伸进入了地球的圆锥形空洞，沿着它逐渐缩小的坡壁，排列着九层魔鬼的圆形层级，模仿九重天；撒旦准确地占据了地球中心的锥体顶点，标志着链条的终结。
一位现代学者曾评论说，中世纪的宇宙因此并不是真正地以地球为中心，而是“以恶魔为中心”。宇宙的中心，曾经是宙斯的壁炉，现在被地狱占据。尽管链条具有连续性，但地球相比于不受玷污的天堂，仍然处于最底层，蒙田曾描述其为“世界的污所和泥潭，宇宙中最糟糕、最卑贱、最无生气的部分，房子的最底层”。他的同时代人斯宾塞也说过类似的话，他哀叹无常女神在地球上方摇摆不定，使得他：
厌恶这种如此令人发痒的生活状态，
要抛弃对事物的热爱是如此徒劳；
如鲜花般绽放的骄傲，如此易于凋落，如此变幻无常，
短暂的时光很快就会被他虚耗的镰刀砍下。
中世纪这种宇宙观的强大影响力由此可见一斑：它控制了16世纪之交伊丽莎白时代诗人的想象力，一如它控制13世纪之交诗人但丁的想象力；直到19世纪，它仍然回响在教皇的一个著名段落中。这段引文的结尾部分为理解这个系统的巨大稳定性提供了一丝线索：
巨大的存在之链！从神开始，
超凡的自然，人类，天使，男人，
野兽，鸟，鱼，昆虫……
……从无限到你，
从你到虚无。——高等的力量。
我们拥向她，低等的力量要拥向我们；
不然就在整个创造中留下一个空白，
在其中，一步被打碎，整个等级就将被破坏；
大自然的链条中，无论打断哪一环，
第十个或第一万个，都一样地打破了链条。

我们再引用另一位伊丽莎白时代的人物，沃尔特·罗利，他的文风不同，是直白的散文：
我们是否因此该视荣誉和财富为粪土，认为它们多余无用而无视它们呢？当然不是。因为神的无限智慧，将天使按等级区分，给天球不同程度的光亮和美丽，在野兽和鸟类之间制造了差别，创造了老鹰和苍蝇、雪松和灌木，在宝石中给红宝石最美丽的颜色、给钻石最活泼的光泽，给人类任命了国王、公爵或首领，还有地方行政官、法官及其他等级。
不仅国王和贵族、骑士和乡绅，他们在宇宙等级中占有固定的位置；存在之链甚至还穿过了厨房。
如果主厨不在的话，谁能顶替他的位置：是烤肉师傅还是煲汤师傅？为什么端面包的人和端酒杯的人占据了第一和第二等级，高于切菜工和厨子？因为他们负责面包和葡萄酒，圣餐的神圣性赋予其神圣的特性。

与柏拉图时代相比，中世纪对变化的恐惧更甚，对永久性的渴望也更强，柏拉图的哲学被他们发展到了强迫症式的极致。基督教使得欧洲免于倒退回野蛮；但是，这个时代的灾难性境况和绝望氛围使它无法衍生出一个均衡、完整、演进的宇宙观，以及关于人类在其中担当什么角色的主张。反复出现的对世界末日的恐慌，跳着舞的和自我鞭笞的狂热者的爆发，都是集体歇斯底里的症状。
由于恐惧和绝望，它在受压抑、挨饿和不幸的人群中产生，其程度在今天几乎无法想象。在持续不断的战争、政治和社会解体的苦难之上，又添加了无法逃脱的、神秘而致命的疾病的可怕痛苦。人类无助地站立着，仿佛全无防备地陷入了一个充满恐怖和危险的世界。
正是在这种背景下，封闭的宇宙观被从柏拉图主义者手中接过，作为对变化这种黑死病的一种防御——严格、静态、等级制、固化。与这个被玻璃纸天球包裹着，被神保存在深锁的冰柜中以隐藏其永恒耻辱的学究式的等级制宇宙相比，三四千年前巴比伦的牡蛎宇宙充满了活力和想象力。然而，另一种可能性会更糟糕：
……如果众星
不幸混乱，陷入了无序的漫游，
那么将有多少瘟疫！多少凶兆！多少暴乱！
多少海啸！多少地震！
风暴、惊骇、变化、恐怖，
将要转移、摧裂、撕碎、毁灭
这各就其位的
宇宙间的和谐……
只需把这等级去掉，调乱琴弦，
然后，听吧！刺耳的噪音随之而来。一切
都互相抵触：江河里的水
泛滥高过堤岸
淹没整个世界……

同样的二分法也被纳入了社会行为之中。一种怪诞而刻板的礼仪管理着每一项活动，旨在将生活冻结在天界钟表装置的形象里，那些水晶天球自发转动着，但始终停留在同一个地方。谦恭谦让，花一刻钟的时间坚持让对方优先通过一扇门，而血腥的争斗也同样激烈。宫廷里的小姐夫人们用言语和春药彼此毒害，打发时间，然而礼仪
不仅规定哪些女士可以相互握手，还规定了哪位女士有权用眼神向他人示意，来鼓励他人采取这种亲密的行为……这个时代的那些热情激昂的灵魂，也总是在泪流满面的虔诚和冷漠无情的残酷之间，在尊重和傲慢之间，在消沉和放纵之间摇摆不定，无法逃脱最苛刻的规则和最严格的形式体系。所有的情感都需要一种严格的传统形式，因为如果没有形式，激情和狂暴就会给生活带来浩劫。
由此出现了一些精神障碍，患者会感觉好像被迫使走在石板的中心，避开边缘；或在就寝前数火柴盒里的火柴，作为对抗恐惧的一种自我保护。在中世纪，大众歇斯底里的戏剧性爆发可能会转移我们的注意力，让我们忽略了其背后存在的那些虽没那么引人注目却长期存在且无法解决的精神冲突。中世纪的生活在其典型的方面类似于一种隔绝罪恶、愧疚和痛苦的强制性仪式，就像隔绝流行的马铃薯枯萎病一样。然而，只要神和自然，造物主和造物，信仰和理性是分开的，这种保护就无法实现。中世纪的象征性序幕是奥利金切断了他的男根——神的荣耀（ad gloriam dei）；尾声则是经院学者们干哑的声音：第一个男人有肚脐吗？为什么亚当吃苹果而不是梨？天使的性别是什么，一根针尖上可以站多少个跳舞的天使？如果一个食人族及其所有的祖先都依靠人肉生活，使得他身体的每一部分都属于其他人，那么在复活的那天，其所有者要求收回自己那部分的身体的话，那个食人族该如何复活以面对最终的审判呢？阿奎那对最后一个问题进行了认真的讨论。
当心灵被分裂，它的那些本应相互完善的部分就通过同系繁殖自主发展起来，仿佛是与现实隔绝的。这就是中世纪的神学，切断了自然研究的平衡作用；这就是中世纪的宇宙论，切断了与物理学的联系；这就是中世纪的物理学，切断了与数学的联系。本章谈的这些似乎是离题了的东西，目的是表明，一个特定时代的宇宙论并不是直线的“科学”发展的结果，而是其时代精神最突出、最富有想象力的标志——时代精神中的冲突、偏见和特殊的双重思维方式——投射到了优美的天空中。

事实上，亚里士多德说的“移动的东西必须被另一个物体移动”（omne quod movetur ab alio movetur）成了中世纪科学进步的主要障碍。一位现代学者说，物体只有被推动才会移动的观点，似乎起源于牛车在糟糕的希腊道路上的艰难移动，因为摩擦力非常大，以至于消除了动量。但是希腊人也射箭、扔铁饼、投掷长矛，却决定忽视这一事实——一旦最初的推动力传递给箭头，它就会继续运动而无须被推动，直到重力使它的运动终止。根据亚里士多德的物理学，一旦箭与其推动者即弓弦不再接触，它就应该落到地上。对此，亚里士多德主义给出的回答是，当箭被弓推动开始移动时，它在空中产生了一种扰动，这形成了一种涡流，它在箭之后的飞行路线上一路拖着它。直到14世纪，也就是1700年之后，才有人提出反对意见，说箭启动时引起的空气扰动不足以使它持续逆风飞行；而且，如果一条船被推离岸边之后继续移动，只是因为船只本身引起的水的扰动拉动了它的话，那么最初的推力应该足以让它漂洋过海了。
除非被阻止或偏转，否则运动中的物体会持续运动。对这一事实的视而不见阻碍了真正的物理科学的产生，直到伽利略出现。每一个运动物体必须一直有一个推动者并被其推动，这创造了“一个必须有看不见的手在不断操纵的宇宙”。在天上，需要有55个天使来保持行星的旋转；在地球上，每块滚下斜坡的石头，每一滴从天而降的雨，都需要一个类似有意识的目的，作为它的“推动者”，使它从“潜能”转换到“行动”。
“自然”运动和“受迫”运动之间也有区别。天体做完美的圆周运动，因为它们的本质完美；地球上四大元素的自然运动沿直线进行——土和火沿垂直方向，水和空气沿水平方向。受迫运动是一切偏离自然运动的运动。两种运动都需要推动者，精神上的或实体上的推动者；但是天体无法进行受迫运动。因此，天空中的物体，如运动轨道不是圆周的彗星，就必须被放置在月下区域的范围内，这个教义即使是伽利略也是遵循的。

在接下来的一个世纪里，奥卡姆的威廉，方济各会最伟大的学者，把阿奎那的第一证明所基于的亚里士多德物理学原理驳了个体无完肤。但在那个时候，经院神学已经完全处于亚里士多德哲学的魔咒之下了——特别是亚里士多德的逻辑机制中最贫瘠、迂腐，同时也是最含混不清的元素。一个世纪后，伊拉斯谟大声喊道：
他们会把我闷死在600个教条之下；他们会称我异教徒，但他们仍然是愚蠢的奴仆。他们被一个由定义、结论、推论、显式命题和隐式命题组成的卫队包围。那些更充分投入的人进一步解释了上帝是否可以成为女人、驴子、南瓜的实质，如果是的话，南瓜就可以显现神迹，可以被钉在十字架上……他们正在全然的黑暗中寻找完全不存在的东西。

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