《致大公爵夫人书》的最后一部分描写了约书亚的神迹。伽利略首先解释说，太阳绕自身轴线旋转是所有行星运动的原因。“而且，就如动物的心脏一旦停止跳动，身体所有部分的其他运动也将停止一样，如果太阳停止旋转，那么所有行星也都将停止旋转。”因此，他不仅与开普勒一样，假定行星每年的运行是由太阳引起的，而且它们每日围绕自己轴线的自转也是一样——这个专门的假设除了与动物的心脏进行的类比之外，就没有别的“严格证明”了。然后他就得出结论，当约书亚叫道“太阳啊，你要停住！”时太阳停止了转动，于是地球也停止了每年和每日的运动。然而，就差那么一点就要发现惯性定律的伽利略，他比任何人都更明白，如果地球突然在轨道上停住不动，那么山峦、城市都会像火柴盒一样倒塌；就连对动量一无所知的最无知的修士，也知道当马匹用后腿直立起来，送信的马车突然停下或者是船只撞上了岩石时，会发生什么事。如果《圣经》按照托勒密的理论来解释，那么太阳突然停转就不会发生明显的物理后果，神迹也依然是可信的神迹；但如果它是按照伽利略的理论来解释，那么约书亚将不但毁掉非利士人，还会毁掉整个地球。伽利略竟然以为凭此等糟糕的胡言乱语能侥幸成功，这说明他对他的对手们的智商极其蔑视。
伽利略一生的悲剧在《致大公爵夫人克里斯蒂娜书》中化为一个缩影。这里有堪称经典的说理段落，捍卫思想自由的绝妙论证，其中夹杂着诡辩、遁词和全然的欺瞒。

贝拉明曾在一次布道中讲过：“人就像青蛙。他们对着与他们无关的诱饵张大嘴巴，而那狡诈的钓鱼者，魔王，他知道怎么大量地捕获他们。”罗马的人们确实已经开始讨论诸如这样的问题：其他行星上是否居住着人，如果有的话，他们是否也是亚当的后裔？如果地球是一颗行星，那么它就与其他行星一样，需要一个天使来移动它；但这个天使在哪儿？他们用与神学家解释信仰相同的基督教激进主义和青蛙张嘴的方式来理解科学的论题。但是，在过去，基督教曾经克服过类似的若干次危机，它已经理解了地球的圆形和对跖点的存在，用它们取代了那个由上层水域覆盖的帐幕宇宙。基督教的世界观已从拉克坦提乌斯和奥古斯丁发展到中世纪的阿奎那和大阿尔伯特的宇宙；在那之后，又发展到库萨主教对无限性的最早的声明，再到方济各会士的后亚里士多德物理学和耶稣会士的后托勒密天文学。
但这一直是一个渐进而持续的发展过程。在一个同样有序的世界观可以取代它之前，封闭的宇宙、存在巨链的等级结构不能被轻易放弃。到目前为止，那个新的宇宙观还不存在。它要到牛顿的综合理论为视角提供了新的焦点之后，才能成形。在这种情况下，唯一可能的策略就是有序的撤退，当阵地变得无法防守时，就放弃——如天空的不变性，被新星、彗星和太阳黑子证明是错误的；如地球是所有天体运动的中心，被木星的卫星证明是错误的。以贝拉明为首的耶稣会的天文学家们在所有这些“危险的创新”中发挥了重要的作用。他们已经悄悄地放弃了托勒密，推进到了第谷式系统：行星环绕着太阳，而太阳则环绕着地球（正如4颗“美第奇星”环绕木星，木星环绕太阳那样）。这就是形而上学的审慎和科学的谨慎所能允许他们走到的极限了——虽然一些耶稣会士在内心里其实是哥白尼主义者。形而上学的审慎是出于神学的原因，而科学上的谨慎则是出于实证上的原因：只要不存在可被观察到的恒星视差，没有地球在空中运动所引起的明显的恒星视位移，这种运动就仍未得到证实。在这种条件下，与观察到的事实似乎最为接近的宇宙系统，是第谷式的宇宙系统。它还具有一个折中的优势。通过使太阳成为行星运动的中心，第谷系统也为一个完全的日心说系统铺平了道路——一旦发现了恒星视差，或者出现了别的一些发现使得天平朝它那一边倾斜的话。而我们即将看到，这是伽利略拒绝的另一个和解方案。

《对话》中的故事分为4天。第一天驳斥了亚里士多德的一般宇宙观。诙谐的新闻报道般的段落夹杂着另外一些文字，突然上升为一种超然的宏伟观点，语言之优美令人惊叹。萨格雷多在攻击柏拉图关于尘世堕落－天国完美的二元论时解释说：
我听说自然物体是没有知觉的、永恒的、不可改变的，等等，这些被认为是一种极大的荣誉和完美，我不禁感到万分震惊，不，是万分怀疑。反过来，我听说如果它们是可变的、可生成的、不定的，就会被视为一种极大的缺陷。我的看法是，地球内部连续不断有着许许多多不同的改变、突变、生成，因此非常高贵、令人钦佩。如果它不发生任何改变，一直是一个巨大的沙堆或一大块玉石，或者，如果从大洪水时起地面上覆盖的洪水冻结，它就一直是一个巨大的水晶球，里面没有任何物质生长、改变或变化的话，那么我就会把它看作一个对宇宙毫无用处的肿块，一堆废物，用一个词来形容就是累赘，就像从未在自然中存在过一样。对我来说，这种差别就如同活着的生物与死掉的生物之间的差别。对于月球、木星和宇宙中所有其他的球体，我都是同样的看法。我越是仔细思量那些流行的说法中的这种虚荣，我就越是觉得它们空洞又愚蠢。还有什么比把宝石、金银称作高贵的，把泥土斥为粗鄙更愚蠢的呢？因为，这些人难道就不想想吗？要是泥土与珠宝和贵重金属一样稀缺的话，那么无论哪个国王都甘愿拿出成堆的钻石、红宝石和一锭锭的黄金，只为换取仅够栽种一小盆茉莉花或一株橘子树的泥土，好让他能看着它发芽、长高，伸出漂亮的枝叶，绽开芬芳的花朵，结出精巧玲珑的果实。
俗人对待事物，因其稀缺就珍视，因其丰足就鄙视，他们说，这是一颗最美丽的钻石，因为它就像一汪清泉一样，但就算给他们10吨泉水他们也不愿放弃钻石。那些歌颂高洁清白、持久不变的人之所以这样说，我认为，是因为他们渴望长生，他们害怕死亡，却不考虑，如果人是永生的，他们就不必来到这世上。这些人应该见一见美杜莎的头颅，让他们都变成钻石和美玉的雕像，这样他们就会比现在更完美了。
支持和反对哥白尼的战斗事实上要到第二天才真正开始，反对地球运动的意见受到了地球物理学方面的反驳。争论的焦点在于运动的相对性。传统的反对意见全都是同一主题的不同变体：如果地球在旋转的话，那么所有没有与之固定在一起的东西都会被抛在后面——炮弹、落石、飞鸟、云彩等。伽利略对此的反驳已经非常接近正确的动力理论，也非常接近牛顿的第一定律。他指出，从一艘移动的船只的桅杆顶上掉落的石头不会被抛在后面，因为它享有船只的动量；依此类推，从塔顶落下的石头，或飞行中的炮弹，也享有地球的动量。

审讯之后的那一年，伽利略写出了令他获得真正的不朽声誉的著作：《关于两门新科学的对话》。到头来，已过七旬的他重新找回了他真正的事业：动力学。他在1/4世纪之前放弃了它，开始为宣传他只有一知半解的日心说天文学而奋斗。这一斗争已经以惨败收场。现代物理学就是从这一片狼藉中诞生的。
这本书于1636年完成，当时伽利略已经72岁。他不指望能在意大利获得出版许可，因此手稿被偷运到莱顿，由埃尔塞维尔出版社出版。但它也有可能是在维也纳印刷的，因为它在维也纳获得了许可，很可能在耶稣会保罗神父的斡旋之下取得了皇帝的首肯。
第二年他的右眼发炎而失明，到年底双眼就都看不见了。
唉！［他写信给他的朋友迪欧达第］你的朋友和仆人伽利略已经无可救药地瞎了一个月了，所以通过我超乎古代智者的想象的奇妙发现和清晰的演示放大了10万倍的这天、这地、这宇宙，从今以后，对我而言，就被收缩到了狭小得只有我自己身体感觉的空间之中。
然而，他继续口述，往《关于两门新科学的对话》里添加新的章节，并接见了源源不断前来拜访的贵宾——其中就包括1638年前来拜访的弥尔顿。
他享年78岁，于1642年去世（当年牛顿出生），去世时身边有他的朋友和学生——卡斯泰利、托里拆利、维维安尼。
他的遗骨没有像开普勒那样被抛撒在风中，而是被安放在佛罗伦萨的万神殿，即圣十字教堂里，在米开朗琪罗和马基雅维利的遗骨旁。他的墓志铭是后人给他写的：“但它仍然在动”（eppur si muove）——这句名言他从来没有在审讯中说过。他的朋友们想在他的墓前树起一座纪念碑，乌尔班告诉托斯卡纳大使，这将给世人带来一个坏榜样，因为这位逝者“给整个基督教世界带来了最大的丑闻”。这就是“危险的奉承”的结局，也是思想史上最糟糕的一段插曲的结束，因为正是伽利略考虑不周的斗争败坏了日心说系统的名声，促成了科学与信仰的分离。