一个过去的诗人在百年后，甚至千年后，又重新被人认识，又能发生作用，在文学史上是数见不鲜的事，人们把这现象称作“某某的再生”。所谓再生，按照情形的不同，有的由于“同”，有的由于“异”；前者是一个时代的精神在过去某某诗人的身上发现同点，起了共鸣，后者是一个时代正缺乏某某诗人的精神，需要他来补充。
——《杜甫和我们的时代》
“人造人”被称为Homonculus（小人），产生在第二部第二幕浮士德的学生瓦格纳的实验室里，消逝于本幕《古典的瓦尔普尔基斯之夜》最后一场爱琴海的海上。浮士德看见海伦娜美的幻影，心里起了对于美的渴望，随即昏倒，魔鬼把他拖回到他旧日的书斋，这时瓦格纳已经成为著名的学者，正从事于一个重要的工作，用化学方法制造一个小人。一切都已具备，魔鬼来得适逢其会，从旁略加帮助，小人在瓶中觉醒了。这个在瓶子里装着的小人，是一个纯粹的精神，他的眼睛能够看出浮士德梦中的情景，他看见浮士德梦的是蕾达（Leda）在水中沐浴，宙斯化身天鹅飞到蕾达身上，蕾达因感应而怀孕海伦娜的那一幕。要使浮士德苏醒，人们在这北方的阴沉的世界里是没有办法的，必须给他披上魔衣飞到希腊的世界，这时正有无数古典的精灵在希腊东北部Thessalia的原野上夜会。小人在前引路，魔鬼由于好奇心在一旁跟着，浮士德一到那里果然就醒了，一开口就问：“她在哪里？”于是开始了他对于美的追求。
——〔从《浮士德》里的“人造人”略论歌德的自然哲学〕
他领导浮士德到希腊后，歌德便使他离开他的旅伴，独自彷徨于古典的瓦尔普尔基斯之夜，寻求实体的生命。这里接触到歌德自然哲学里两个重要的问题，一个是地球怎样形成，一个是生命怎样生成。事实上这两个问题是不容分开的，可是为方便起见不能不分开来讲。
关于地球的组成，歌德由于实际的观察已经获得一些普遍的观念，有慕于法国自然研究者布封把自然描述得那样生动，他自己也曾想写一部《宇宙新传奇》（Roman über das Weltall）。1781年12月7日他写信告诉石泰因夫人：“我在路上把我的《宇宙新传奇》想了一遍，我希望能立即着笔。”可惜他并没有着笔，只有一篇著名的《花岗石》（1784年）是这时期内写成的，此外有些零星的草稿空使人想象那部传奇的结构。至于《花岗石》，是一篇壮丽的散文，歌德坐在一座花岗石组成的山峰上，冥想远古的洪荒时代，这座高峰超过一切的洪水，水上有创造的精神活动，随着波浪的起伏形成山陵的起伏，从水中成立山的形体，可是这原始的花岗石山却巍然不动。至于火山爆发影响地面，据歌德看，是以后的事。人们推测，这篇《花岗石》应该是那部未完成的传奇里的一段。
在《维廉·麦斯特的漫游时代》第二篇第九章，麦斯特走到山上参加一个矿工的盛会，当各种表演完结后，在长桌旁聚餐时大家谈到“世界的创造与形成”，立即起了激烈的纷争。有水成论者、火成论者，有人以为有大石块形成在地内，又有人以为大小的山石是从天空陨落的，还有人认为一些石块是在极冷的时期顺着冰川溜下来的。众说纷纭，莫衷一是。麦斯特听着感到紊乱与忧郁，因为“他一向在寂静的心意中怀有那浮荡在水上的精灵与超过最高山15尺的高潮，在这些离奇的谈话里，那安排停当的、万物丛生的、有生命的世界好像都在他的想象前崩溃了”。这是较为客观的叙述，作者未加评论，但是维廉·麦斯特面前的世界还是有秩序的，他本人则同意水成论。——在《古典的瓦尔普尔基斯之夜》里就迥然不同了，作者的态度很明显，当阿纳萨哥拉斯向泰勒斯称赞地震的威力时说：
泰勒斯，你可曾在任何一个夜里
把这样一座山从泥土中造起？
泰勒斯却这样回答：
自然与它生动的运行
从来不依靠日夜与时辰。
它规律地组织每个形体，
就是在伟大里也没有暴力。
所以一个人造人终于“做成”了，并且有脑筋能思想，但他却是一个透明的精神，只仰仗一个玻璃瓶维持体重。他为什么离不开这玻璃瓶呢？他自己解释得明白：
全宇宙几乎不能满足自然的事物。
凡是人工的，要求有限制的空间。
然而他不能在这有限制的空间内自足，他要工作，要寻求“i”字母上的那一个点——真实的生命。他一降落到希腊的土地，在古典的瓦尔普尔基斯的夜里，便从一处飘到另一处，想打破那个瓶子，要在最好的意义中“生成”。这个要求是正当的，必需的，因为歌德认为“精神与物质、灵魂与身体、思想与容量、意志与活动，是宇宙必要的成分”，二者共同是神的代表。
我们再看一看当时的景象：Galatee驾着贝车在海上驶来，同时泰勒斯唱着一切都从水里产生的颂歌，人造人在瓶里放出光明，越照越亮，最后燃烧着、闪烁着，瓶子撞到贝车破裂了，这透明的人造人完全注入海里。这是求生的精神与海水中元素的配合，于是海上的鸟妖们（Sirenen）唱起歌来：
这是创始一切的爱（Eros）在统治！
称颂大海！称颂波涛，
被这神圣的火围绕！
称颂这水！称颂火焰！
称颂这奇异的冒险！
随后大家合唱：
称颂这骀荡的微风！
称颂富于神秘的岩洞！
你们在这里都被崇奉，
四种元素，水、火、土、风。
人造人是求生的精神，求生的意志，四种元素是身体的根源，精神与元素化合才产生真实的生命。二者怎样才能化合呢？这要仰仗Eros，因为Eros能使一切联合。这正如歌德在《西东合集》中另一首诗《重会》（Wiederfinden）里说的：上边的光是求生的意志，下边的混沌是元素，宇宙初开，晨曦是二者的媒介。
歌德在自然研究里喜欢用一个法文字aperçu，这字本来含有概观、纲要的意义，但是被歌德运用，渐渐获得一个另外的深意了。从长久的观察中忽然领悟到一个丰富的、使一切都贯通的真理，这神来的领悟歌德称为aperçu。他说：“在科学里一切都有赖于人们称作aperçu的才能，有赖于遇见为万象之基础的事物。一个这样的遇见是无穷无尽地丰富。”他对于自然的许多意见，大半仰仗这神来的领悟。其中最重要的，即是从自然界的万象中遇见原始现象（Urphänomen）。
1822年莱比锡大学教授Heinroth在他写的一本《人类学》里说歌德的思想方式是“有具体对象的思想”（gegenständliches Denken）。歌德读到这里，很受感动，写了一篇耐人深思的散文《睿智的一言给以重要的鼓励》（Bedeutende Förderung durch ein einziges geistreiches Wort），他说：“我的观照就是一个思想，我的思想就是一个观照。”同时声明他对于古希腊的那句格言“认识你自己”始终是怀疑的，他觉得这是祭师们的诡计，他们想把人们从对于外界的努力引到一种内心的虚假的冥想里。因为“人只在他认识世界时才认识自己，他只在自己身内遇见这世界，只在这世界内遇见自己”。紧接着他说出那句常被引用的名言：“每个新的对象都在我们身内启发一个新的器官。”换言之，凡是歌德信以为用内在的眼睛能以看见的，他也要训练外界的眼睛可以看见。
因此他要在自然中处处遇到他从自然里神悟得来的原始现象：他在高级植物中看到原始植物（叶），在高级动物中看到原始形体（脊椎），在矿物中看到原始石（花岗石），在人的现象之后看见神的、原始的创造力（爱）。——从这些原始现象中蜕变出宇宙的万象，这就是歌德的蜕变论。他说：
每棵植物都向你宣示那些永恒的法则。（《植物的蜕变》）
最稀奇的形式也暗自保有原始的形象。（《动物的蚁变》）
有机的形体不是一次便固定了的，却是流动的、永久演变的。他一再地向爱克曼说：“神性在生活者的身内活动，但不在死者的身内；它在成就者与变化者身内，但不在已成就者与凝固者身内。”他的《遗训》一诗一开始就有这样的句子，“没有本质能够化为乌有”，但他在《一与一切》的最后两行又说，“一切必须化为乌有，如果它们要在存在中凝滞”。
歌德并且把他从生物界中观察得来的蜕变论推演到人的身上，一个人的一生也不可凝滞，必须有变化：“在一个人的中年每每发生一个转变，他在青年时一切都有利于他，他事事成功，现在忽然一切都完全改变了，灾难和不幸都一个跟着一个地堆积起来。……人必须再被毁灭！每个非常的人都有某一种使命，他的职责是完成这个使命。一旦他完成了这个使命，他在世上这个形象就不继续是必要的了，天命又运用他去做一些旁的事。”这是他在动物蜕变与植物蜕变外又树立起人的蜕变论。这自灭而又自生的深义，这“死和变”的真理，在歌德作品里到处可以遇到，也更充分具体地表现在《浮士德》悲剧里。说到这里，已经离开了自然的范围，不过就广义说，人也是自然的一部分，连带论及，也未为不可。
所谓用化学方法制造人，并不是诗人凭空的构想，却是在16世纪，尤其在名医Paracelsus的著作里，曾经郑重讨论过的问题。浮士德与Paracelsus同时，歌德要利用这人造人，并不是偶然的事。至于为什么要有魔鬼的帮助这小人才能觉醒？为什么只有这小人能担当引导的任务？这都不难解答。关于前者，因为魔鬼必须处处帮助浮士德，无论是直接或是间接，帮助浮士德达到一个目的后，再设法诱惑他。这次也不能例外，他相信只有人造人才能看清浮士德的梦境。关于后者，因为人造人一觉醒就有求生的意志，就要工作，要发现“i”字母上的一点。这意志与浮士德追求的意志相似，他好像是浮士德的一个象征，引导浮士德到古典的世界。