约6000年前，人类的思想还在半睡半醒之间，迦勒底的祭司们就站在瞭望塔上观测星象，制作星图和星体运动时间表。年代可追溯到公元前3800年左右阿卡德的萨尔贡大帝统治时期的陶土记事板，显示出天文学传统早已存在。时间表成为日历，用来管理有组织的活动，包括种植作物和宗教仪式。阿卡德人的观测结果渐渐精确得令人称奇，他们计算出的一年长度，与正确值的偏差不超过0.001%；他们关于太阳和月球运动的相关数字，误差幅度仅有使用巨型望远镜的19世纪天文学家的3倍。从这一点来看，他们的学问是一门精密科学。他们的观察结果是可检验的，并使他们能够对天文活动做出精确的预测；这个理论虽然以神话学预设为基础，却能够“奏效”。因此，在这漫长旅程开始之初，科学以双面神雅努斯的形象出现：他是门户的守护者，朝前的面孔警醒敏锐，朝后的面孔眼神恍惚，盯着相反的方向。
从两个面孔的角度来看，天空中最迷人的物体都是行星，或称流浪星球。在天空上悬挂的数千盏明灯中，只有7颗是行星。它们是太阳、月球、水星（纳布神）、金星（伊什塔尔女神）、火星（涅伽尔神）、木星（马尔杜克神）、土星（尼尼伯神）。所有别的星星都是静止不动的，固定在天穹的图示中，每天绕地球这座山旋转一周，但从不改变它们在图示中的位置。这7颗流浪行星和那些固定的星星一同旋转，但同时也有自己的运动，就像在旋转的球体表面上徘徊的苍蝇。不过，它们并没有在整个天空闲逛，它们的运动仅限于一条环绕在天空中，与赤道呈约23度角的狭窄巷道或环带里。这条环带——即黄道——分为12个区域，每个区域以位于其中的一个恒星星座命名。黄道就是天上的情人巷，行星沿巷道漫步。一颗行星在一个区域内穿行具有双重意义：它既为观测者的时间表提供了数据，也为幕后演出的神话故事提供了象征信息。占星术和天文学至今仍然是现代科学的两个互补的研究领域。

米利都人泰勒斯给希腊带来了抽象的几何学，并预测了一次日食。他和荷马一样，认为地球是漂浮在水面上的圆盘，但他并没有止步于此。他放弃了神话的解释，提出了革命性的问题：是什么基本原始物质，通过自然的什么样的过程，形成了宇宙？他的回答是，这个基本物质或元素一定是水，因为万物都生于水，包括空气，空气是由水蒸发而形成的。另有人说，基本物质不是水，而是空气或火。不过，他们的答案并没有他们开始学会提出一种新式问题的事实重要，他们不再诉诸神谕，而是问向这喑哑无声的大自然。这是一场令人无比激动的游戏。要理解这个游戏，人们必须再次沿着自己的人生轨迹回到少年时的幻想，那时候人的大脑正陶醉于自己刚被开发出的能力，任由思考肆意奔腾。“一个恰当的例子，”柏拉图写道，“就是泰勒斯，他仰头观看星象时落入井中，被一位来自色雷斯的漂亮聪慧的女仆嘲讽（据说如此），说他只顾观测天象，却不注意眼前，甚至就在脚边的东西。”
第二位爱奥尼亚哲学家阿那克西曼德表现出了在整个希腊传播的那种智识热忱的所有症状。他的宇宙不再是一个封闭的盒子，而是在空间和时间上无限。原始物质也不是我们熟悉的物质形式，而是一种没有确定属性的物质，只知道它不可摧毁、永远存在。万物都从这个物质中产生，并回归于它；在我们这个世界之前，已经存在过无数的其他宇宙，它们一次次消散，变成无定形的一大块。地球是一根圆柱，被空气包围；它直立飘浮在宇宙的中心，没有任何支撑，下面也没有任何东西，但它不会下落，因为它处于正中，没有可以倾斜的方向；如果倾斜了，就会扰乱整体的对称性和平衡性。球形的天空“像树皮一样”围绕着大气层，而且天空有好几层，以容纳各种星体。但星体并非如人们所见的样子，它们根本不是“物体”。太阳只是一个巨轮轮圈上的一个洞。轮圈上满是火，当它围绕地球旋转，它上面的洞也围绕地球旋转——一个充满火焰的巨大轮圈上的一个小洞。关于月球，我们得到了一个类似的解释：月相的成因是小洞周期性地被部分堵塞，月食也是如此。星星是深色织物上的针孔，透过针孔，我们可以看到两层“树皮”之间充满的宇宙火。

埃利亚学派的创始人，科洛封的色诺芬尼是一位怀疑论者，他写作诗歌直到92岁，而且似乎曾作为《传道书》作者的一个榜样：
万物生于土，归于土。众人生于土与水……人所言的关于众神和万物之事，过去无人确知，将来也无人确知；因他所言的虽完美，他却并不知；所有皆为人之看法……人想象神也会出生，衣着言语身形皆类似于人……然而，埃塞俄比亚人的神黑肤扁鼻，色雷斯人的神红发碧眼……然而，若牛、马、狮有手，能如人一般以手塑形，那马的神即像马，牛的神即像牛……荷马和赫西俄德已将人的所有羞耻之事都归咎于神，盗窃、通奸、欺骗、各种非法勾当……
与此相反：
……只有一个神……外形与思想皆不似凡人……他静止不动，长存不朽……他不费力气，只需意念即可移物……
爱奥尼亚人是乐观、不信神的唯物主义者，而色诺芬尼是多愁善感的泛神论者，对他而言，变化是幻觉，努力是虚空。他的宇宙论反映了他的哲学特征，其与爱奥尼亚哲学家的截然不同。他的地球不是一个漂浮的圆盘或柱子，而是“扎根于无限”。太阳和星星都既没有实体，也不会永恒存在，它们只是地球呼出的着了火的气体云。星星在黎明被烧尽，到晚上地球呼出的气再重新形成一组新星。同样，每天早晨，新的太阳从聚集的火花中诞生。月球是一团被压紧的明亮的云，一个月后就消散——然后一朵新的云开始形成。在地球上的不同地区，有不同的太阳和月球，它们全都是云的幻影。

神话就像水晶一样，不断复制自身的结构而生长；但它必须有一个恰当的核来让它从那里开始生长。庸才或怪人没有足以让神话诞生的力量；他们的理论也许会流行一时，但也会很快消亡。然而，毕达哥拉斯的世界观却恒久不衰，它仍然渗透在我们的思维，甚至我们的词汇当中。“哲学”（philosophy）这个词即源于毕达哥拉斯；“和谐”（harmony）一词从广义上讲也是一样；我们称数字为“figures”，这正是毕达哥拉斯兄弟会的专门术语。
他的宇宙观的本质和力量在于包罗万象，统一和谐。它将宗教和科学，数学和音乐，医学和宇宙学，身体、心灵和精神联合起来，组成了一个充满灵感的清晰明亮的综合体。在毕达哥拉斯的哲学中，所有组成部分环环相扣；它呈现的是一个均匀同质的表面，如同一个天球，因此很难确定应该从哪里切入。但最简单的方法是通过音乐。毕达哥拉斯发现，一个音符的音高取决于产生该音符的弦的长度，音阶中的和弦音程是根据简单的数字比率产生的（2∶1为八度音，3∶2为五度音，4∶3为四度音，等等），这些发现都是有划时代意义的。这是人类第一次成功地将质还原为量，是走向人类经验的数学化处理的第一步，因此也是科学的开端。

爱奥尼亚哲学家已经开始撬开宇宙的牡蛎，让地球飘浮。在阿那克西曼德的宇宙中，地球圆盘不再漂浮在水中，而是立在正中，没有支撑，被空气包围。在毕达哥拉斯的宇宙中，圆盘换成了一个圆球。在圆球的周围，太阳、月球和行星沿同心圆旋转，每一个都固定在一个轨道或轮盘上。这些星球每一个都快速旋转，在空气中制造出一种嗖嗖声，或悦耳的嗡鸣声。显然每颗行星都会以不同的音高发出嗡鸣，这取决于它们各自轨道的比率——正如一根音弦的音调取决于其长度。因此，行星移动的轨道就形成了一种巨大的七弦琴琴弦，其音弦弯曲成环。似乎同样明显的是，轨道线之间的间隔必须遵循和谐的法则。据普林尼所说，毕达哥拉斯认为地球和月球之间的音程是一度音，月球到水星是半度音，水星到金星半度音，金星到太阳小三度，太阳到火星一度音，火星到木星半度音，木星到土星半度音，土星到恒星天是小三度音。由此产生的“毕达哥拉斯音阶”是C、D、♭E、G、A、♭B、B、D——虽然不同作者给出的具体音阶描述略有不同。
根据传统，仅有大师才有天赐的能力，能亲耳听到天球发出的音乐。凡人没有这种天赋，或者是因为他们从出生那一刻起，就不知不觉地沐浴在这天外之音中；或者是因为他们被创造得太过粗鄙了——如罗兰佐对杰西卡所说：

……柔和的静寂和夜色，
是最足以衬托出音乐的甜美的……
坐下来，杰西卡。瞧，天宇中
嵌满了多少灿烂的金钹；
你所看见的每一颗微小的天球，
在转动的时候都会发出天使般的歌声……
永远应和着嫩眼的天婴的妙唱。
在永生的灵魂里也有这一种音乐，
可是当它套上这一具泥土制成的俗恶易朽的皮囊以后，
我们便再也听不见了。

音乐的和谐主宰星体的运动，这个毕达哥拉斯式的梦从未失去其神秘的影响力以及它从人类的潜意识深处唤起回应的力量。从克罗顿直到伊丽莎白时期的英国，它在若干个世纪里反复回响。我想再引用两段文字——你们稍后会明白我的用意。第一段是德莱顿的著名诗句：

和谐，天国的和谐，
这宇宙的框架由此而生；
当大自然躺在
一堆混乱的原子下面，
无法抬起她的头颅，
从天上传来悦耳的声音；
“起来，汝等还未死去。”
第二段来自弥尔顿的《阿卡狄亚》：
然而在深夜，当睡意
禁锢了凡人的感官，我倾听
来自天空的和谐乐音……
音乐中藏有如此甜蜜的冲动
令命运的女儿们平静；
令无常的大自然遵循她的法则，
下界的行动亦步亦趋，
跟随这天上的乐曲，
而凡人未经净化的钝耳却无法听闻。

俄耳甫斯是充斥着神和半神的希腊神话舞台上的后来者。关于俄耳甫斯崇拜，我们所知的并不多，而且其中也充斥着猜测和争议；但我们至少大概知道其背景。在未知的某个时间（但很可能在公元前6世纪前不久），对酒神狄俄尼索斯——“狂暴”的山羊神，主生育和葡萄酒——的崇拜从蛮荒之地色雷斯传播到了希腊。酒神崇拜最初的成功可能是由于色诺芬尼曾表达过的那种普遍的挫败感。奥林匹亚神殿已经变得类似于一个蜡像集聚的殿堂，对其形式化的崇拜再也无法满足真正的宗教需求，还不如爱奥尼亚圣贤的泛神论——被称为“文雅的无神论”。精神上的空虚往往会造成情绪爆发；欧里庇得斯《酒神的伴侣》中这位长犄角的神的狂热崇拜者们，成了中世纪的塔兰泰拉舞者、喧闹的20世纪20年代中放荡不羁的年轻人、希特勒青年团的愤怒女孩们的先驱。这种爆发似乎一直是零星短暂的——希腊人终归是希腊人，很快就意识到这些过激行为既不能带来与神的神秘结合，也不能回归自然，而只会导致大众的歇斯底里：
底比斯的女人们丢下了
她们的纱线和织物
投入狄俄尼索斯
这令人发狂的迷幻！……
张口怒目的残暴禽兽
违抗神命，粗鄙恐怖，
对人形进行污蔑诽谤。
官方采取的行动似乎相当合理，他们将酒神狄俄尼索斯提升到了万神殿里与阿波罗平起平坐的位置。他的狂暴被驯服，他的美酒也不再香醇，对他的崇拜受到了管制，成了一个无害的安全阀门。
但是对神秘主义的渴望一定还是保留了下来，至少在敏感的少数人当中。现在钟摆开始朝相反的方向摆动：从肉体的迷幻摆向了来世。传说中的一个最生动的版本是，俄耳甫斯成了酒神暴怒的牺牲品，当他终于失去妻子时，他决定禁欲，色雷斯的女人们将他撕成碎片，他的头颅顺着赫伯鲁河漂下——仍然在歌唱。这听起来像一个警世寓言。但将这活着的神撕碎、吞下以及他随后的重生，是俄耳甫斯崇拜在另一重意义上不断重复的一个主乐调（leitmotif）。在俄耳甫斯神话中，狄俄尼索斯（或色雷斯传说中的扎格列欧斯）是宙斯和珀尔塞福涅的英俊儿子；邪恶的提坦巨人们将他撕成碎片，吃掉了他，只留下心脏给宙斯，然后他又获得了重生。巨人们被宙斯的雷霆劈死，然而从他们的骨灰中诞生了人类。巨人吞食了神的血肉，获得了一星半点的神性，从而传给了人类，一并传给人类的还有巨人体内的极度邪恶。然而，人类有力量过一种超脱尘俗的生活、执行特定的苦行禁欲的仪式，从而赎回原罪，净化自己身上遗留的那部分邪恶。通过这种方式，人类能够摆脱“轮回转生”，重获失去的神圣状态，不再被禁锢在往生后世的动物乃至植物的身体里（对不朽的灵魂而言那就像肉体的坟墓）。

俄耳甫斯教是第一个普世的宗教，因为它不被视为是某一个部落或民族所专有的，而是向所有接受其信条的人敞开了大门。它深刻地影响了随后的所有宗教的发展。尽管如此，我们却不该认为它带来了许多智识和精神方面的精进。俄耳甫斯教的净化仪式作为整个系统的中心，仍然包含了一系列原始的禁忌——不吃肉或豆类，不触碰白色公鸡，不照光源旁边的镜子。
然而，恰恰在这一点上，毕达哥拉斯赋予了俄耳甫斯教新的意义，在这一点上，宗教直觉和理性科学以惊人的创意被融合在了一起。这个连接点就是净化的概念。这是酒神崇拜、俄耳甫斯崇拜、提洛岛的阿波罗崇拜，以及毕达哥拉斯医学和科学的一个核心概念，只是含义不同，而且应用不同的方法（现代心理治疗的各个学派也是一样）。在胡言呓语的酒神女祭司和冷傲的数学家之间，在俄耳甫斯的琴声和缓泻药丸之间，有什么共同之处吗？是的，它们都拥有对从各种形式的奴役、身心的激情和紧张、死亡和虚空、巨人留给人类的遗产中获得解放的渴望——是这种渴望重新点燃了神性的火花。然而实现这个目的的方法必然是因人而异的。这些方法必须根据信徒的悟性和入会的程度进行分级。毕达哥拉斯用不同等级的详尽复杂的净化方法，取代了其他教派的包治百病的灵魂净化法。可以说，他净化了“净化”这个概念本身。
其中最低等级的是来自俄耳甫斯教的一些简单禁忌，如禁止食用肉类和豆类，因为克己忘我的苦修是最有效的净化方式。最高级的对灵魂的净化是通过冥想所有实在的本质、形式的和谐、数字的舞蹈等来实现的。因此，“纯科学”（pure science）——这个我们至今仍在使用的奇特用语——既是智性的乐趣，也是精神宣泄的方式；是通往造物的思想与其造物者的精神之间神秘联结的方式。“几何学的功能，”毕达哥拉斯学派的普鲁塔克说，“是使我们远离感官的、堕落的世界，来到智性的、永恒的世界。因为思考永恒是哲学的目的，就像沉思幽玄是宗教的目的。”但是对于真正的毕达哥拉斯信徒而言，这两者已经变得无法分辨。
不偏不倚的科学通向灵魂的净化以及最终的解脱，这一理念的历史意义极其重大。埃及人对他们的尸体做防腐处理，以便灵魂可以回到之前的身体之中，而无须转世化身；佛教徒实行无执念，以摆脱轮回。这两种态度都是消极、出世的，不具有社会意义。毕达哥拉斯派的这种令科学和对不朽者的沉思并驾齐驱的观念，借由柏拉图和亚里士多德，进入了基督教精神，成为塑造西方世界的一个决定性因素。

这个过程再次伴随着某些关键词的含义的微妙改变，如沉思（theoria，希腊语）——理论（theory）。theoria来自theorio——“去看，注视”（thea：景象，theoris：观看者、观众）。但在俄耳甫斯教的使用中，theoria渐渐变为表示“狂热的宗教冥想的状态，在其中观看者被视为受难的神，死去而又获重生”。由于毕达哥拉斯学派将宗教热情也看成智识上的狂热，将仪式上的狂喜当成发现的迷狂，theoria的含义就逐渐变成了现代意义上的“理论”。然而，尽管朝拜者沙哑的喊叫声被后来的理论家们“发现了”（Eureka）的呼声取代，但他们仍然保有这两者是来自共同的来源的意识。他们明白神话的符号和数学的符号原是同一种不可分割的真实的不同方面。他们并不是活在“信仰与理性分裂之家”的屋檐下；这二者是密不可分的，就像建筑师图纸上的平面图和立面图。

接下来迈出了革命性一步的是毕达哥拉斯的弟子菲洛劳斯，他是第一个认为地球在运动的哲学家。地球开始在空中运动。
具体是什么样的动机促成了这个惊人的革新，我们现在只能猜测。也许是认识到在行星的运动中有些地方显然不合常理。太阳和行星每天绕地球旋转一周，但同时又在缓慢地通过黄道，完成它们一年一次的运行，这似乎很不对劲。如果我们假设整个天空每天一次的旋转是由于地球自身运动所造成的错觉，那么一切就变得简单多了。如果地球是自由而独立地存在于空中，那么它为什么不能也在运动呢？不过，让地球绕自身轴线旋转的观点尽管是显而易见的，菲洛劳斯却并未想到这一点。相反，他认为地球每24小时围绕空中某个外部的点旋转一周。而地球上的观测者观察天空一天的变化，就会产生错觉，就像一个坐旋转木马的游客，看到这宇宙的展览会正在朝相反的方向旋转。
在菲洛劳斯的旋转木马的中心，他放上了“宙斯的瞭望塔”，也被称为“宇宙的壁炉”或“中央火”（central fire）。但这个“中央火”不是太阳。它是看不见的；因为地球上有人居住的地方（希腊及其近邻）总是背对着它，就像月球的暗面总是背对着地球。此外，在地球和中央火之间，菲洛劳斯放入了一个看不见的行星：反地球（antichton，或counter-earth）。它的作用显然是保护地球上的对跖点区域不被中央火烧焦。古代人相信地球的极西之地，直布罗陀海峡之外的区域，被极夜笼罩，此时被解释为是反地球投在这些地区的阴影。但也有可能如亚里士多德轻蔑写到的，反地球的发明只是为了使宇宙中运动的天球数量达到10个，这是毕达哥拉斯学派的神圣数字。
于是，围绕着中央火，有9个星体以同心圆轨道旋转。最里面是反地球，接着是地球、月球、太阳和五大行星；然后是带着所有恒星的天球（恒星天）。在这个外壳之外有一面炽热的以太墙，从四面八方包裹着宇宙。这层“外部火”是宇宙获得光和气的第二个也是主要的来源。太阳仅仅充当了一个透明的窗户或透镜，外层的光线通过它被过滤和分散。这幅景象令我们想起阿那克西曼德所说的熊熊燃烧的轮圈上的洞。但这些美妙的想象也许都不如下面这个最为异想天开的想法：一个火球永恒地在天空上急速穿梭，永远不会燃尽。

为了大致了解希腊人是如何看待宇宙的，我们可以想象一下，所有横渡大西洋的交通工具——潜艇、航船、飞机——全都被限制在同一条航线上。所有交通工具的“轨道”将沿着环绕地球中心的同心圆，并都在同一个平面上。假如地球是透明的，一个观测者躺在地球中心的一个洞里，观看交通状况。在他看来，所有的点都沿着同一条线在以不同的速度移动，这条线就是黄道。如果让透明的地球围绕观测者旋转（而他本人保持不动），那么这条交通航线就会随着天球旋转，但各个交通工具仍然继续限制在这条窄道里。航线上有：两艘在航线下方不同深度的水域里破水行进的潜艇，它们是“下层”行星——水星和金星；接着是单独一艘灯火通明的舰艇，那是太阳；然后是3架高度各异的飞机，这是“上层”行星，按顺序为火星、木星和土星。土星很高，在平流层；在它上面仅有恒星天球。至于月球，它与位于中心的观测者非常接近，应该被视为在观测者所在的洞内凹墙上滚动的一个球；但是仍与所有其他的交通工具在同一平面上。这就是宇宙的古代模型的大致轮廓（图A）。
不过，模型A永远不可能正常运行。以我们的后见之明来看，原因是显而易见的：行星的排列顺序错误；太阳应在中心，而地球应该在“下层”和“上层”行星之间太阳所在的位置，旁边是月球（图D）。这个模型中的基本错误造成了行星的视运动（apparent motion）中令人难以理解的不规则现象。
到赫拉克利德斯的时期，这些不规则运动现象已成为折磨那些关注宇宙的哲学家的主要问题。太阳和月球沿着这条路线移动的方式似乎或多或少较有规律，但五大行星的行进方式极其怪异。一颗行星会沿着路线漫行一阵子，与其他星体的方向相同，由西向东；然而每隔一定时间，它会减慢速度停下来，像是到达了天上的某个站点，开始往回走；然后它又改变了主意，转了一圈又恢复它之前漫步的方向。金星的表现更是反复无常。它的亮度和大小的显著周期性变化，似乎表明它在不断交替着接近和远离我们，这表示它并没有真正地绕着地球运动，而是在沿着一条难以捉摸的波浪线运动。而且，金星和第二颗内行星水星，一会儿冲到稳步前进的太阳的前头，一会儿又落到了后面，但始终紧贴着太阳，就像在轮船边游戏的海豚。因此，有时候金星表现为“晨星”（Phosphoros），和太阳一同升起；有时候表现为“昏星”（Hesperos），跟随在落日之后。毕达哥拉斯似乎是第一个认识到这两个是同一个星体的人。

再一次以我们的后见之明来看，赫拉克利德斯对这一难题的解决似乎非常简单。如果金星相对于地球做不规则运动，而其轨道中心的运动却在迎合太阳，那么它显然是附属于太阳，而不是地球的，也就是说它是太阳的卫星。由于水星也以同样的方式运动，那么两颗内行星一定都是在围绕太阳运动，而太阳围绕地球运动，就像一个车轮套在另一个车轮上转动。
第29页的图B一目了然地说明了为什么金星会交替地接近和远离地球；为什么它有时候在太阳前面，有时候在后面；还有为什么它会时断时续地沿着黄道向相反方向移动。
从我们现在来看，这一切都是明摆着的事。但在有的情况下也需要发挥很强的想象力，并且要有魄力去冒天下之大不韪打破传统的思想，才能发现显而易见的东西。我们仅有的一点关于赫拉克利德斯个性的资料显示，这两者他都有：独创性和对学院传统的蔑视。认识他的人给他起了一个绰号——悖论制造者（paradoxolog），西塞罗讲过他很喜欢讲“天真的童话”和“奇闻异事”，普罗克洛斯告诉我们，他敢顶撞柏拉图，因为柏拉图教人地球是静止不动的。
认为两个下层的行星——也只有这两个——是太阳的卫星，而太阳本身及其余的行星依然围绕地球旋转的观点，后来被误称为“埃及系统”，并且变得非常流行（图B）。很显然，这个系统是在宇宙的地心说（地球为中心）到日心说（太阳为中心）之间的一个过渡点。我们不知道赫拉克利德斯是否就此止步，还是更进了一步，让3个外层行星也环绕太阳旋转，而拥有5个卫星的太阳，则围绕地球旋转（图C）。这本该是合乎逻辑的一步，一些现代学者认为赫拉克利德斯的确到达了这个四分之三的过渡点（the three-quarter-way house）。有人甚至认为，他还走出了最终一步，让所有的行星包括地球，都围绕太阳旋转。

阿里斯塔克斯是毕达哥拉斯学派的最后一位天文学家，和大师本人一样来自萨摩斯。颇具象征意义的是，据说他出生于公元前310年，即赫拉克利德斯去世的同一年。他只留下了一篇很短的论文，《论太阳和月球的大小和距离》。这篇文章表明了他具有一个现代科学家的基本素养：思想的独创性和观测的谨慎性。他所设计的计算太阳距离的方法，后来被整个中世纪的天文学家所遵循；就算他的实际数字是错误的，这也是由于他出生于距望远镜被发明2000年前的时代。尽管他距离钟摆的发明年代也是2000年的时间，但他提升了太阳年的长度预测的精确度——在之前的365¼天之上增加了1/1623天。
阿里斯塔克斯在另一篇论文中宣称，太阳才是我们世界的中心，而不是地球，所有行星都是围着太阳旋转的。这是毕达哥拉斯宇宙学的最高成就，并且直到1700年后才被哥白尼重新发现。但这一原始文本现在已经失传了。不过幸运的是，我们有阿基米德和普鲁塔克这样的权威人士，以及其他人的证言；而且阿里斯塔克斯讲授日心说的事实，得到了古代文献和现代学者的一致认同。

柏拉图对毕达哥拉斯学派最重要、最受宠的科学分支也持同样的敌视态度。“讲授和谐的人，”柏拉图在著作中借苏格拉底之口批评道，“比较那些只能凭耳朵听到的声响与和音，他们的工作就和那些天文学家的一样，都是徒劳无功的。”
所有这些可能都不该按字面来理解，然而事实刚好相反，这样做的人就是新柏拉图哲学的极端主义学派，他们统治西方哲学长达好几个世纪，阻碍了一切科学进步，直到亚里士多德被重新发现，人们对自然的兴趣才得以复苏。我之前称他们是分隔两个思想时代的双子峰，但是就其对未来的影响而言，柏拉图和亚里士多德应该被称为具有同一个重心点的双子星，两颗星围绕彼此旋转，并交替地将光芒投射到世世代代的后人身上。我们将看到，在12世纪末之前，柏拉图占据了最高统治地位；随后亚里士多德复活，在200年的时间里被称为“哲学家”（the philosopher），这是他常见的称谓；接着柏拉图再次回归，以一个完全不同的面目出现。阿尔弗雷德·怀特海教授的著名评价，“对于欧洲哲学传统最可靠的概述就是，它是对柏拉图的一系列注脚”，可以被修改为：“科学，直到文艺复兴时期为止，都不过是对亚里士多德的一系列注脚。”
这两个人物的非凡影响力，在这样一段极其长远的时期里，断断续续地刺激又阻碍着欧洲的思想，其中的奥秘一直是一个激烈不休的争论的主题。

亚里士多德的神不再从世界的内部统治世界，而是从其外部。这终结了毕达哥拉斯的中央火和宙斯的壁炉作为宇宙能量的神圣来源，终结了柏拉图的宇宙灵魂（anima mundi）的神秘主义概念，即宇宙是一个拥有神性灵魂的活物。亚里士多德的神，不动的推动者，从外部旋转这宇宙，这就是抽象神学中的上帝。歌德说：“仅来自外部的是什么神？”这似乎就是直接针对的他。将上帝从中心移至边缘，这自动将地球和月球所占据的中心区域转变为离上帝最远的地方，整个宇宙最卑微、最底层的地方。由月球所在的天球包围的区域，即“月下区域”，包含了地球，如今被明确视为非上流社会（non-U）。就在这一区域，并且也仅在此区域，才有对变化、对有限的可变性的恐惧。在月球天之外，天空是永恒不变的。
如此一来，宇宙被分为两个区域，一个是卑微的，另一个是尊贵的；一个会变化，另一个则不会。这在后来成了中世纪的哲学和宇宙论的另一项基本学说。它认定了宇宙本质上的稳定和永恒，给一个恐慌的世界带来了无边无际的平静和安慰，但并没有走得太远以至于假装一切变化只是幻觉，没有否认兴与衰、生与灭的现实。它不是暂时和永恒之间的和解，而仅仅是两者之间的对峙；但能够同时对两者都一目了然，也可以算是一种安慰。
这种划分给宇宙的两个部分分配了不同的基本物质和运动方式，使其在智识上更令人满意，也更容易掌握。在月下区域，所有物质由四种元素——土、水、气和火——的不同组合构成，这些元素本身又是两个对立面的组合，冷和热、干和湿。这些元素的性质要求它们以直线运动：土朝下，火朝上，气和水则是水平运动。大气充满了整个月下区域，不过在它的上层空间不是气，而是有一种一旦开始运动就会燃烧并产生彗星和流星的物质。这四种元素不断相互转化，这就是所有变化的本质。

如果称亚里士多德的宇宙为洋葱宇宙，我们不妨称托勒密的宇宙为摩天轮宇宙。这个理论始于公元前3世纪佩尔加的阿波罗尼乌斯，由罗得岛的喜帕恰斯在公元前2世纪加以发展，并在公元2世纪由亚历山大里亚的托勒密完成。托勒密系统是哥白尼之前的最后一个天文学系统（仅出现过细微调整）。
任何有节奏的运动，甚至是鸟儿的舞蹈，都可以想象成一个钟表装置的运转，其中有许多看不见的齿轮相互合作产生运动。自从“匀速圆周运动”成为天上世界的法则，天文学的任务就沦为在纸面上构思这样的虚构的钟表装置，将行星的舞蹈解释为正圆形的、缥缈的部件旋转的结果。欧多克索斯使用天球作为部件，而托勒密使用轮圈。
也许将托勒密的宇宙想象成一个“巨轮”或“摩天轮”的系统，而不是一个普通的钟表装置更容易理解一些，我们在游乐园里就能见到摩天轮——一个巨大的、直立的、缓慢旋转的轮子，带有座位或小舱，从边缘悬挂下来。让我们想象乘客绑好安全带，坐在小舱里的座位上；让我们进一步想象这个机械装置失灵了——小舱不再静静地悬垂在巨轮的边缘，而是绕着悬挂的枢轴疯狂地旋转，而枢轴本身随巨轮慢慢旋转。不幸的乘客，或者是行星，如今在空中划出了一条曲线，它不是圆形的，而是一组圆形运动的组合。通过改变轮圈的尺寸、小舱悬臂的长度，以及两个旋转运动的速度，就可以产生各种各样的曲线，如图中所示的曲线——还有肾形曲线、花环形、椭圆形，甚至是直线！
从位于巨轮中心的地球上看，小舱中的行星—乘客将顺时针运动，直到他到达“停滞点”S1，然后逆时针退回到S₂，然后再顺时针移动到S₃，如此往复。巨轮的轮圈被称为均轮（deferent），小舱画出的圆圈被称为本轮（epicycle）。通过选择本轮和均轮直径之间的适当比率，以及本轮和均轮的适当速度，就可以在“停滞和逆行”以及离地球的距离的变化等方面，实现与观测到的行星运动相当近似的运动。
然而，这些并不是行星运动中仅有的不规则现象。还有另一个问题，其原因在于（我们今天已经知道）它们围绕地球运动时的轨道不是圆形的，而是椭圆形的，也就是说这些轨道会“凸出来”。为了消除这种异常，人们引入了另一个设计，称为“可移动的偏心”（movable excentric）：巨轮的轮毂不再与地球重合，而是在地球附近的一个小圆圈上移动；以这种方式产生了相应的“偏心轮”，即“凸出”的轨道。
在上图中，巨轮的轮毂在小圆上顺时针移动，从A到B；小舱悬挂在轮圈上的点按逆时针方向从a到b以椭圆形曲线移动；最后是小舱围绕本轮旋转。但这还不够，对某些顽固的行星来说，人们发现有必要在悬挂在巨轮的小舱上再悬挂第2个小舱，具有不同的半径和速度；然后是第3个、第4个、第5个，直到最下面的小舱内的乘客能够画出一条或多或少符合他的意愿的轨迹。

等到托勒密系统完善时，这7名乘客，太阳、月球和5个行星，需要一个不少于39个轮子的机械装置来再现在空中的运动；最外层的轮子携带着恒星，使得这个数字达到了40个。这个系统直到弥尔顿的时代仍是唯一在学院科学中被认可的，弥尔顿在《失乐园》的一个著名段落中对此加以讽刺：
大建筑师聪明地把其余的事
向人和天使隐瞒起来，不向
精究者，宁向赞叹者透露秘密。
或者，他们若愿意臆测，他就
把天球的构造，任他们议论去，
也许要笑他们猜测得过分离奇，
他们后来会模拟天球，测量星宿时，
妄自猜想怎样使用那庞大的构架，
怎样建筑、怎样拆毁、发明一套
学说，说什么用同心圆和异心圆，
天圈和周转圈，圈中的圈，来
圈住这个大球等说法，离奇可笑。
卡斯蒂利亚的阿方索十世被称为智者，他是一个虔诚的人，也是天文学的重要赞助人。他用更简洁的语言说明了这件事。当他得知托勒密的系统时，叹道：“如果全能的主在开始创造这世界之前问问我的意见，我会推荐一个简单点的构造。”

到公元前2世纪末，希腊人已经掌握了构成这个拼图的所有图块，但未能将它们拼凑到一起；或者更确切地说，已经将它们拼到了一起，但又将它们分开了。他们知道5个行星的轨道、周期和速度与太阳有关，并且依赖太阳，然而在他们遗留给世界的这个宇宙系统里，他们却选择完全忽略了这个至关重要的事实。
这种思想上的雪盲症更不同寻常的地方在于，作为哲学家，他们已经意识到太阳所扮演的主导角色，而作为天文学家，他们却否认了这一点。
在此我引用一些文字来展现这个悖论。例如，西塞罗，他的天文学知识当然完全来源于希腊，在《论共和国》中他写道：“太阳……其余星体的统治者、君王和首领，宇宙唯一的最高原则，它如此宏大，以至于它的光照亮了、填满了一切……水星和金星的轨道跟随它，作它的随从。”
普林尼在一个世纪后写道：“太阳在行星中间穿梭，不仅指引着历法和地球，还有群星和天空。”
普鲁塔克在《论月面》中也有类似的说法：
但总的来说，我们怎么能说：地球处于中心——处于什么的中心？宇宙是无限的；无限，既没有开始也没有结束，也没有中心。……宇宙没有将任何固定的中心赋予地球，漫无目的地摇摆着在无限的空虚中漂泊着的、无家可归的地球……
在公元4世纪，当古代世界的黑暗终于落幕，叛教者尤利安写下了关于太阳的文字：“它引领群星的舞蹈，它的远见指引着自然界的世世代代。它是行星的君王，行星围绕着它舞蹈；它们围绕在它周围，相隔完美和谐、精确限定的距离，正如思考天象的哲人们所确认的那样……”

托勒密是一个全心全意的柏拉图主义者，现在人们已经充分感受到了双子星对科学进程的影响。他们将月下区域的四元素和天空的第五元素分离，这直接导致了天空几何学与物理学，即与关于物理现实的天文学的分离。分裂的世界反映在分裂的思想之中。它知道在现实中太阳对行星有物理学上的影响，但现实已经不再是它的关注点了。
托勒密的同时代人士麦那的塞翁在一段惊人的文字中概括了这个情况。他先是表达了他的观点，即水星和金星毕竟可能会围绕太阳旋转，接着，他说太阳应该被称为宇宙的心脏，因为宇宙既是“一个世界也是一只动物”。
但是［他反思道］，在有生命的身体中，动物的中心不同于它身体的中心。例如，我们既是人又是动物，生物体的中心在心脏，总是在跳动，总是温热的，因此是灵魂的所有才能、欲望、想象力和智慧的源泉；但我们的身体的中心却在别的地方，在肚脐附近……同样……宇宙的数学中心是地球所在的地方，寒冷、固定不动，但宇宙作为动物的中心却在太阳之中，也就是说，太阳是宇宙的心脏。
这段文字既给人启发又令人震惊，它敲出的音符将回响于整个黑暗的中世纪。它蕴含着原始的渴望，渴望将宇宙理解为一个活生生的、脉搏跳动的动物；它又过分杂糅了寓言和现实的陈述，对充满灵感的柏拉图式嘲弄进行掉书袋式的变形，令人震惊。肚脐和心脏之间的对比很聪明，但不能令人信服。它没有解释为什么2个行星会围绕心脏旋转，而另外3个围绕肚脐旋转。塞翁及其读者真的相信有这种事情吗？答案是，显然他们的心中有一个部分是相信的，但另一个部分不相信。分离的过程已接近完成。观测天文学仍在发展、前进；但在哲学上，相比于700年前的毕达哥拉斯派，甚至是爱奥尼亚学派，都是何其地倒退！

正圆形的神话具有同样根深蒂固且引人入胜的力量。毕竟，它是最古老的符号之一。画一个有魔法的圈将一个人围住，可保护他免遭恶灵侵害，让他的灵魂免遭危险；它标志着此处是不可侵犯的圣所；在建一座新城时，通常会犁出第一条圆形的沟（sulcus primigenius），圈住新城所在的位置。除了是稳定性和保护的象征之外，圆形或轮子可以说具有技术上的合理性，是任何机械设备的适当要素。但另一方面，行星轨道显然不是圆形的；它们是偏心的、凸出的、椭圆形或蛋形的。它们能够被几何学上的技法排布成多个圆形轨道的组合的样子，但这就要以放弃贴近物理现实为代价。有一些残破的小型希腊星象仪碎片保存到了今天，其年代为公元1世纪，这是一个旨在重现太阳、月球，也许还有行星运动的机械模型。但是上面的轮子，或者说至少其中有些轮子不是圆形的，而是蛋形的。第49页上托勒密系统中的水星轨道显示为类似的椭圆形。所有这些线索都被忽略了——被打入冷宫，成了圆形崇拜的牺牲品。
然而，关于椭圆形曲线，并没有任何生来就令人恐惧的东西。它们也是“封闭的”曲线，会回归自身，显示出令人安慰的对称性和数学上的和谐。也许是有点讽刺意味的巧合，第一个对椭圆形的几何性质做全面研究的，也是佩尔加的阿波罗尼乌斯，他从未意识到自己手中已有了答案，却开始建立本轮的怪物宇宙模型。我们将看到，2000年后，约翰内斯·开普勒治愈了天文学对圆形的痴迷，却仍然犹豫是否应该采用椭圆形轨道，因为，他写道，如果答案那么简单，“那么问题早就该被阿基米德和阿波罗尼乌斯解决了”。

第一部年表

《忏悔录》中的一些句子可以更生动地说明基督教时代伊始对知识的心态。在个人叙述的最后一卷即第10卷中，奥古斯丁描写了他皈依12年后的心境，并恳求上帝帮助他克服仍在纠缠他的各种诱惑形式：肉体的欲望，他在醒着时能够抵制，在睡觉时却不行；享受食物的诱惑，而非视其为一种必需的药物，“直至汝消灭食欲和血肉的那日”；芳香气味的诱惑，对此他还很能抵御；从教堂音乐中获得的耳朵的愉悦，有“被歌唱感动而不是被赞颂的东西感动”的风险；“各种形式的美丽、绚丽夺目的色彩”对眼睛的诱惑；还有倒数第二个，“为了获知而去认知”的诱惑：
此时此刻，我要提到另一种形式更为多样也更加危险的诱惑。因为除了令我们所有的感官愉悦的肉体欲望之外——那些臣服于肉体欲望的奴隶们，因远离了你（上帝）而变得消瘦，直至毁灭——在人的心灵之中，通过那些相同的感官，也会产生某种虚荣的欲望和好奇心，并非贪图身体上的愉悦，而是凭借身体的辅助，假借学习和知识的名义，去体验。……愉悦追求的是视觉、听觉、嗅觉、味觉、触觉上美好的东西；但是为了体验而产生的好奇心可能会追求相反的事物，不是为了体验不愉快，而不过是渴望体验以及发现。……由于这种好奇心的病症，你会看到剧院里演出的各种怪异表演。因此，人们开始研究关于自然的现象——我们之外的自然部分——尽管这种知识对他们没有价值：因为他们只是为了知道而想知道。……
在这陷阱密布、危机四伏的广阔森林里，我已经斩断了心中的许多罪恶，因你赐给我的力量，我的救主；然而，何时我才敢于说——诸如此类的事情在我们每日的生活周围熙熙攘攘——何时我才敢于说这样的事情无法再引诱我去关注它，或是因徒劳的好奇心去渴望它呢？当然戏剧不再吸引我，我也不想去了解星体的运动轨迹……
但他还没有成功地从人心中剔除对知识的罪恶渴望。
与之相反，他贴近到了一个危险的距离。

与其他的早期教父相比，奥古斯丁仍然是最开明的。生活在他之前一个世纪的圣拉克坦提乌斯决定摧毁地球的形状是圆形的观点，并取得了巨大的成功。他的《神学要义》第3卷题为“论哲学家的虚假智慧”，包含所有反对对跖点存在的幼稚论证——人不能头朝下倒着走路，雨雪不能从下往上落——这要是在700年前，任何受过教育的人都不可能讲这样的道理而不让人笑话。拉丁文《圣经》的翻译者圣杰罗姆毕生都在抵抗想要阅读异教徒经典著作的诱惑，直到他最终击败了“哲学家的愚蠢智慧”：“主啊，如果我再拥有任何世俗的书籍，或者要是我再读这些书，我就否认了你。”直到大约9世纪末，毕达哥拉斯时代的1500年之后，地球是圆的和对跖点可能存在的观点才得以恢复。
这一时期的宇宙论直接回到了巴比伦人和希伯来人的时代。有两个主要观点占主导地位：地球的形状如同圣幕；天空被水包围。后一个观点基于《创世纪》第1章第6—7节：
神说，诸水之间要有空气，将水分为上下。神就造出空气，将空气以下的水，空气以上的水分开了。事就这样成了。
从这段话可以得出这个概念，即天上的水位于天空之上，其目的——如圣巴西略②曾解释的那样——是保护宇宙免受天火。圣巴西略的同时代人塞维利亚努斯进一步解释说，下层天空由晶体状或“凝结”的水构成，使天空不会被太阳和星星点燃；在天空之上的液态水能使它保持冰凉，到了最后的审判日，上帝会用天空之上的水来熄灭所有的灯火。奥古斯丁也认为土星是最凉爽的星球，因为它最接近上层水域。对于那些否认在天空之上会存在比较重的水的人，他指出在人的头颅里也存在液体的黏液。还有人反对说，天空的球面及其运动会引起水的滑落或泼洒，而一些教父解释说，天空的穹顶可能在内部是圆形的，在外部却是平坦的，或者有凹槽和管道可以将水容纳在里面。

还有一个观点也正在传播，即天空本身不是圆形的，而是如帐篷或帐幕的形状。塞维利亚努斯引用《以赛亚书》第40章第22节，神“铺张穹苍如幔子，展开诸天如可住的帐篷”。也有其他人和他说法相似。然而，教会的教父和圣师们对这些世俗的事务并不十分感兴趣，不愿深入探究。中世纪早期的第一个全面的宇宙系统，注定要取代从毕达哥拉斯到托勒密的异教徒天文学家的教导，这就是修士科斯马斯撰写的著名的《基督教世界风土志》。科斯马斯生活在6世纪，出生于亚历山大里亚，作为商人和海员，他曾走遍已知的世界，包括阿比西尼亚、锡兰和印度西部，赢得了“印度旅行者”（Indicopleustes）的称号。他后来成为一名修士，并在西奈的一所修道院里写下了他的巨著。
该书共12卷，第1卷题为“反对那些想要信奉基督教，却像异教徒一样思考和想象，认为天是球形的人”。《出埃及记》中描述的圣幕是长方形的，长是宽的两倍：因而地球就该具有相同的形状，在宇宙底部从东到西纵向放置。它周围环绕着海洋，就像摆放陈设饼的桌面被波浪形的边界所包围那样。海洋被第二个地球包围，这是天堂的所在地，也是在挪亚越过海洋之前人类的家园，但现在无人居住。从这个荒芜的外层地球的边缘升起四个垂直的平面，这是宇宙的墙壁。它的屋顶是一个半圆柱体，立于北墙和南墙之上，使宇宙看起来像是一个半圆形活动营房，或是一个带弧拱盖子的维多利亚式旅行箱。
然而，这个屋子的地板也就是地球，并不是平坦的，而是从西北到东南倾斜的——因为《传道书》第1章第5节中写道，“日头出来，日头落下，急归所出之地”。因此，像幼发拉底河和底格里斯河一样流向南方的河流比朝“上坡”流动的尼罗河流速更快，朝南和朝东航行的船只比那些必须朝北和朝西“攀升”的船只航行的速度更快；后者因此被称为“徘徊者”（lingerers）。星星被天使们携着在宇宙苍穹下的空中环绕，当它们经过地球朝上倾斜的北部时，那里有一个巨大的圆锥形山顶，这时星星就被遮住了。这座山在夜晚也遮住了太阳，因为太阳比地球小许多。

在公元999年，当时最有成就的古典学者、几何学家、音乐家和天文学家热贝尔，登上教皇的宝座，成为西尔维斯特二世。这种危险进一步减小了。4年后他去世了，但是这位“魔术师教皇”给世界留下的印象如此强大，以至于他很快就成了传奇。尽管他是一个罕见的人物，远超时代，但他的教皇地位在公元1000年这个充满象征意义的年份，标志着中世纪最黑暗时期的结束，以及对古代异教科学态度的逐渐转变。从此刻开始，地球为球形，处于太空的中心位置，被行星包围，这些观点逐渐地再次为人接受。更重要的是，大约同一时期的几份手稿表明，赫拉克利德斯的“埃及”系统（其中水星和金星是太阳的卫星）已被重新发现，而且这些行星轨道的详细图纸在初学者中流传。但它们并没有对当时的主流哲学产生任何显著的影响。
因此，到公元11世纪时已经形成的宇宙观，大致相当于公元前5世纪的宇宙观。希腊人花了大约250年的时间，从毕达哥拉斯发展到阿里斯塔克斯的日心说系统；而欧洲花了两倍多的时间才实现从热贝尔到哥白尼的相应发展。希腊人一旦认识到地球是一个飘浮在太空中的球体，几乎立刻就让这个球动了起来；而中世纪匆忙将它冻结在严格的宇宙层级的中心，一动也不动。确定下一个发展形态的不是科学的逻辑，也不是理性的思想，而是一个象征着时代需求的神话概念：帐幕宇宙终于被金链的宇宙取代。

马克罗比乌斯有一段话经常在中世纪被引用，在其中他总结道：
因为，从至高的神产生灵，从灵产生了灵魂，之后神依次创造了万物，并将它们注满生命……因为万物都按此顺位连续，依次退化到这个序列的最底层，因此，细心的观察者会发现各部分之间的联系，从至高的神往下到最底层的残渣，都一路连接下去，持续不断。这就是荷马所说的金链，他说，神令金链从天上悬至地面。
马克罗比乌斯所说的类似于新柏拉图主义的“流溢说”，后者可追溯到柏拉图的《蒂迈欧》。太一（The One），最完美的存在，“不能封闭在自身体内”；它必须要“溢出”并创造出理念的世界，这随之又会在宇宙灵魂中创造出它自身的摹本或图像，产生“有感觉的和处于植物状态的生物”，依次按照下降的序列，直至“最后的残渣”。这仍然是一个下降而退化的过程，与进化观念完全相反；但是，由于每一个被创造的存在最终都是神的流溢，以一种随距离增加而逐渐减少的方式来分享神的本质，所以灵魂总是会朝着源头努力向上。

亚里士多德的生物学在约公元1200年被重新发现，其中关于明显分离的自然领域之间的所谓“连续性原则”变得尤其重要：
自然从无生命向有生命逐渐过渡，其连续性使它们之间的界限难以区分；常有同时属于两种序列的中间类别。植物紧随在无生命体之后，而植物在分有生命的程度上也彼此不同。这一类别的整体与其他物体相比，显然是有生命的；但与动物相比，则似乎是无生命的。从植物到动物的过渡是连续的；人们可能会质疑某些海洋生命形态是动物还是植物，因为它们中有许多都附着在岩石上，如果与岩石分离就会死亡。
“连续性原则”使我们不仅可以根据“完美程度”“灵魂力量”或“潜能的现实化”等标准，将所有生物在层级结构中进行排序（当然，这些标准从未被确切地定义）；它还使我们可以将链条的两半——月下区域和天上区域——连接成一个连续的单独个体，而无须否认它们之间的本质上的区别。圣托马斯·阿奎那在人的双重本质中发现了这连接的一环。在所有存在的连续性中，“总是发现较高种属的最低成员与较低种属的最高成员相邻”，这种说法适用于植虫类动物，因为它们是半植物、半动物，也适用于人类，因为人类同等程度地具有两个类别的特征，因为他触及了有形体的阶层之上的最低级成员，换句话说，人的灵魂，它位于有理智的生命序列的最底层，因此，被称为物质的事物和属灵的事物之间的分界线。

链条就这样连接起来，从神的宝座向下连至最卑贱的蠕虫。它进一步向下延伸，穿过四元素的层级结构进入无生命的自然。如果找不到明显的线索来确定物体的“完美程度”，占星术和炼金术就通过建立“对应关系”和“影响作用”来提供答案，这样每个行星都与一周中的某一天，某种金属，某种颜色、石头、植物等相关联，这规定了它们在层级中的等级。再向下延伸进入了地球的圆锥形空洞，沿着它逐渐缩小的坡壁，排列着九层魔鬼的圆形层级，模仿九重天；撒旦准确地占据了地球中心的锥体顶点，标志着链条的终结。
一位现代学者曾评论说，中世纪的宇宙因此并不是真正地以地球为中心，而是“以恶魔为中心”。宇宙的中心，曾经是宙斯的壁炉，现在被地狱占据。尽管链条具有连续性，但地球相比于不受玷污的天堂，仍然处于最底层，蒙田曾描述其为“世界的污所和泥潭，宇宙中最糟糕、最卑贱、最无生气的部分，房子的最底层”。他的同时代人斯宾塞也说过类似的话，他哀叹无常女神在地球上方摇摆不定，使得他：
厌恶这种如此令人发痒的生活状态，
要抛弃对事物的热爱是如此徒劳；
如鲜花般绽放的骄傲，如此易于凋落，如此变幻无常，
短暂的时光很快就会被他虚耗的镰刀砍下。
中世纪这种宇宙观的强大影响力由此可见一斑：它控制了16世纪之交伊丽莎白时代诗人的想象力，一如它控制13世纪之交诗人但丁的想象力；直到19世纪，它仍然回响在教皇的一个著名段落中。这段引文的结尾部分为理解这个系统的巨大稳定性提供了一丝线索：
巨大的存在之链！从神开始，
超凡的自然，人类，天使，男人，
野兽，鸟，鱼，昆虫……
……从无限到你，
从你到虚无。——高等的力量。
我们拥向她，低等的力量要拥向我们；
不然就在整个创造中留下一个空白，
在其中，一步被打碎，整个等级就将被破坏；
大自然的链条中，无论打断哪一环，
第十个或第一万个，都一样地打破了链条。

我们再引用另一位伊丽莎白时代的人物，沃尔特·罗利，他的文风不同，是直白的散文：
我们是否因此该视荣誉和财富为粪土，认为它们多余无用而无视它们呢？当然不是。因为神的无限智慧，将天使按等级区分，给天球不同程度的光亮和美丽，在野兽和鸟类之间制造了差别，创造了老鹰和苍蝇、雪松和灌木，在宝石中给红宝石最美丽的颜色、给钻石最活泼的光泽，给人类任命了国王、公爵或首领，还有地方行政官、法官及其他等级。
不仅国王和贵族、骑士和乡绅，他们在宇宙等级中占有固定的位置；存在之链甚至还穿过了厨房。
如果主厨不在的话，谁能顶替他的位置：是烤肉师傅还是煲汤师傅？为什么端面包的人和端酒杯的人占据了第一和第二等级，高于切菜工和厨子？因为他们负责面包和葡萄酒，圣餐的神圣性赋予其神圣的特性。

与柏拉图时代相比，中世纪对变化的恐惧更甚，对永久性的渴望也更强，柏拉图的哲学被他们发展到了强迫症式的极致。基督教使得欧洲免于倒退回野蛮；但是，这个时代的灾难性境况和绝望氛围使它无法衍生出一个均衡、完整、演进的宇宙观，以及关于人类在其中担当什么角色的主张。反复出现的对世界末日的恐慌，跳着舞的和自我鞭笞的狂热者的爆发，都是集体歇斯底里的症状。
由于恐惧和绝望，它在受压抑、挨饿和不幸的人群中产生，其程度在今天几乎无法想象。在持续不断的战争、政治和社会解体的苦难之上，又添加了无法逃脱的、神秘而致命的疾病的可怕痛苦。人类无助地站立着，仿佛全无防备地陷入了一个充满恐怖和危险的世界。
正是在这种背景下，封闭的宇宙观被从柏拉图主义者手中接过，作为对变化这种黑死病的一种防御——严格、静态、等级制、固化。与这个被玻璃纸天球包裹着，被神保存在深锁的冰柜中以隐藏其永恒耻辱的学究式的等级制宇宙相比，三四千年前巴比伦的牡蛎宇宙充满了活力和想象力。然而，另一种可能性会更糟糕：
……如果众星
不幸混乱，陷入了无序的漫游，
那么将有多少瘟疫！多少凶兆！多少暴乱！
多少海啸！多少地震！
风暴、惊骇、变化、恐怖，
将要转移、摧裂、撕碎、毁灭
这各就其位的
宇宙间的和谐……
只需把这等级去掉，调乱琴弦，
然后，听吧！刺耳的噪音随之而来。一切
都互相抵触：江河里的水
泛滥高过堤岸
淹没整个世界……

同样的二分法也被纳入了社会行为之中。一种怪诞而刻板的礼仪管理着每一项活动，旨在将生活冻结在天界钟表装置的形象里，那些水晶天球自发转动着，但始终停留在同一个地方。谦恭谦让，花一刻钟的时间坚持让对方优先通过一扇门，而血腥的争斗也同样激烈。宫廷里的小姐夫人们用言语和春药彼此毒害，打发时间，然而礼仪
不仅规定哪些女士可以相互握手，还规定了哪位女士有权用眼神向他人示意，来鼓励他人采取这种亲密的行为……这个时代的那些热情激昂的灵魂，也总是在泪流满面的虔诚和冷漠无情的残酷之间，在尊重和傲慢之间，在消沉和放纵之间摇摆不定，无法逃脱最苛刻的规则和最严格的形式体系。所有的情感都需要一种严格的传统形式，因为如果没有形式，激情和狂暴就会给生活带来浩劫。
由此出现了一些精神障碍，患者会感觉好像被迫使走在石板的中心，避开边缘；或在就寝前数火柴盒里的火柴，作为对抗恐惧的一种自我保护。在中世纪，大众歇斯底里的戏剧性爆发可能会转移我们的注意力，让我们忽略了其背后存在的那些虽没那么引人注目却长期存在且无法解决的精神冲突。中世纪的生活在其典型的方面类似于一种隔绝罪恶、愧疚和痛苦的强制性仪式，就像隔绝流行的马铃薯枯萎病一样。然而，只要神和自然，造物主和造物，信仰和理性是分开的，这种保护就无法实现。中世纪的象征性序幕是奥利金切断了他的男根——神的荣耀（ad gloriam dei）；尾声则是经院学者们干哑的声音：第一个男人有肚脐吗？为什么亚当吃苹果而不是梨？天使的性别是什么，一根针尖上可以站多少个跳舞的天使？如果一个食人族及其所有的祖先都依靠人肉生活，使得他身体的每一部分都属于其他人，那么在复活的那天，其所有者要求收回自己那部分的身体的话，那个食人族该如何复活以面对最终的审判呢？阿奎那对最后一个问题进行了认真的讨论。
当心灵被分裂，它的那些本应相互完善的部分就通过同系繁殖自主发展起来，仿佛是与现实隔绝的。这就是中世纪的神学，切断了自然研究的平衡作用；这就是中世纪的宇宙论，切断了与物理学的联系；这就是中世纪的物理学，切断了与数学的联系。本章谈的这些似乎是离题了的东西，目的是表明，一个特定时代的宇宙论并不是直线的“科学”发展的结果，而是其时代精神最突出、最富有想象力的标志——时代精神中的冲突、偏见和特殊的双重思维方式——投射到了优美的天空中。

事实上，亚里士多德说的“移动的东西必须被另一个物体移动”（omne quod movetur ab alio movetur）成了中世纪科学进步的主要障碍。一位现代学者说，物体只有被推动才会移动的观点，似乎起源于牛车在糟糕的希腊道路上的艰难移动，因为摩擦力非常大，以至于消除了动量。但是希腊人也射箭、扔铁饼、投掷长矛，却决定忽视这一事实——一旦最初的推动力传递给箭头，它就会继续运动而无须被推动，直到重力使它的运动终止。根据亚里士多德的物理学，一旦箭与其推动者即弓弦不再接触，它就应该落到地上。对此，亚里士多德主义给出的回答是，当箭被弓推动开始移动时，它在空中产生了一种扰动，这形成了一种涡流，它在箭之后的飞行路线上一路拖着它。直到14世纪，也就是1700年之后，才有人提出反对意见，说箭启动时引起的空气扰动不足以使它持续逆风飞行；而且，如果一条船被推离岸边之后继续移动，只是因为船只本身引起的水的扰动拉动了它的话，那么最初的推力应该足以让它漂洋过海了。
除非被阻止或偏转，否则运动中的物体会持续运动。对这一事实的视而不见阻碍了真正的物理科学的产生，直到伽利略出现。每一个运动物体必须一直有一个推动者并被其推动，这创造了“一个必须有看不见的手在不断操纵的宇宙”。在天上，需要有55个天使来保持行星的旋转；在地球上，每块滚下斜坡的石头，每一滴从天而降的雨，都需要一个类似有意识的目的，作为它的“推动者”，使它从“潜能”转换到“行动”。
“自然”运动和“受迫”运动之间也有区别。天体做完美的圆周运动，因为它们的本质完美；地球上四大元素的自然运动沿直线进行——土和火沿垂直方向，水和空气沿水平方向。受迫运动是一切偏离自然运动的运动。两种运动都需要推动者，精神上的或实体上的推动者；但是天体无法进行受迫运动。因此，天空中的物体，如运动轨道不是圆周的彗星，就必须被放置在月下区域的范围内，这个教义即使是伽利略也是遵循的。

在接下来的一个世纪里，奥卡姆的威廉，方济各会最伟大的学者，把阿奎那的第一证明所基于的亚里士多德物理学原理驳了个体无完肤。但在那个时候，经院神学已经完全处于亚里士多德哲学的魔咒之下了——特别是亚里士多德的逻辑机制中最贫瘠、迂腐，同时也是最含混不清的元素。一个世纪后，伊拉斯谟大声喊道：
他们会把我闷死在600个教条之下；他们会称我异教徒，但他们仍然是愚蠢的奴仆。他们被一个由定义、结论、推论、显式命题和隐式命题组成的卫队包围。那些更充分投入的人进一步解释了上帝是否可以成为女人、驴子、南瓜的实质，如果是的话，南瓜就可以显现神迹，可以被钉在十字架上……他们正在全然的黑暗中寻找完全不存在的东西。

▷第二部年表

在通往墙顶平台的房间里，放置着哥白尼观察天空所用的仪器。这些仪器很简单，大部分由他自己根据托勒密在1300年前的《天文学大成》中给出的说明制作而成。事实上，它们比古希腊人和阿拉伯人的仪器更加粗陋和不准确。其中一个叫作三角仪（triquetrum）或“十字弓”，约12英尺高，由三根松木条组成。一根木条直立；第二根木条上有两个瞄准器，就像枪筒上的瞄准器，用铰链连接在第一根木条的顶部，用来瞄准月球或星星；第三根木条是一个十字架，用墨笔标有刻度，就像一根码尺，用它可以读出星体在地平线上的角度。另一个主要仪器是一个直立的日晷，底部指向南北，用来指示太阳在中午的高度。还有一个叫十字测天仪（Jacob’s Staff或Baculus astronomicus），就只是一根长木棍，带有一根可移动的短横杆。没有目镜或反光镜。天文学还没有发现镜子的用途。
不过，哥白尼本来可以使用更好、更精确的仪器，四分仪、星盘，以及抛光的黄铜和青铜制作的大型浑天仪，就像伟大的雷吉奥蒙塔努斯在他位于纽伦堡的天文台安装的那一座。哥白尼教士收入宽裕，完全有条件从纽伦堡的制作厂订购这些仪器。他自制的十字弓和十字测天仪十分粗陋。他曾无意中向年轻的雷蒂库斯提到，如果能将观测误差减少到10弧分，他就会像毕达哥拉斯发现他著名的定理那么快乐。但是10弧分的误差相当于天空中满月的视宽度的1/3，相比之下，亚历山大里亚天文学家的观测更为精确。哥白尼毕生都奉献给了研究星体的事业，那么，究竟是什么原因使得这位富裕的教士从来不曾订制过那些会让他比毕达哥拉斯还要快乐的仪器呢？

尼古拉教士从未提及安德烈亚斯的病，也不曾提及他不光彩的一生和他的死。关于这个问题，雷蒂库斯只是说，哥白尼有“一个哥哥名叫安德烈亚斯，他很熟悉罗马的著名数学家格奥尔格·哈特曼”。后来的传记作者对哥哥安德烈亚斯的问题同样谨慎。直到公元1800年，才有一位约翰·阿尔布雷希特·克里斯在一本不起眼的杂志上提到了安德烈亚斯的病症。但他很快就后悔了。3年后，当克里斯编辑利希滕贝格先前撰写的一部哥白尼传记时，他也对这个问题保持了沉默。
如果哥白尼家族生在意大利，而不是普鲁士的一个无名小城，那么安德烈亚斯本可能成为一个鲁莽冒进的雇佣兵队长，卢卡斯舅舅可能成为一个城邦的独裁统治者。夹在这两个顽固强硬的人物中间，受哥哥的欺凌，舅舅的藐视和侮辱，尼古拉变得隐忍、谨慎、遮遮掩掩。最早的版画和后期真实性可疑的肖像画，都表现出他坚毅的面容和怯懦的表情：高颧骨、分得很开的黑眼睛、方下巴、厚嘴唇；但目光飘忽、犹疑，嘴唇噘着，仿佛在生气，表情拒人于千里之外，充满戒备心。
在他意大利的学业即将结束之时，日心说系统开始在尼古拉的脑海里成形。当然了，这个想法并不是什么新东西，在当时的意大利也有许多人在讨论，我在后面会再讲到这一点。尼古拉在意大利求学的早期就开始对天文学产生了极大的兴趣，这成了他坎坷人生的主要慰藉。当他接触到阿里斯塔克斯以太阳为中心的宇宙观时，他就一把抓住了它，再也没有放开过。36年来，据他自己说，他将他的理论深深地埋藏在心中，直到临死前才勉强同意透露它的秘密。

未公开出版的天文学手稿被称为《短论》（Commentariolus或Brief Outline），我们将在后面讨论。另一份手稿于1509年在克拉科夫出版，当时哥白尼36岁，那也是除了《天球运行论》之外唯一一本他在世时出版的书。它也代表了他在纯文学领域的唯一一次探索，因此也透露了他的个性和品位。
这本书是哥白尼教士从希腊文翻译成拉丁文的一位名叫塞奥非拉克特·塞摩卡塔之人的书信集。塞奥非拉克特是公元7世纪拜占庭的一位历史学家，最著名的作品是一部莫里斯皇帝统治时期的历史。吉本在谈到他的文学成就时，说他对琐事滔滔不绝，却抓不住要领。伯恩哈迪评论说：“塞奥非拉克特的风格浅薄，却由于毫无意义的虚饰被高估了……这比人们想象的更早、更彻底地揭示了那个时代本质上的空虚和贫瘠。”他还出版了一卷有85封书信的集子，形式为不同希腊人物之间虚构的来往信件；哥白尼选择翻译成拉丁文的正是这本书，这是他对文艺复兴时期的文学做出的贡献。
塞摩卡塔的《书信集》按三个标题分类：“道德”“田园”和“爱情”。以下从三类风格中摘选（未删节）的是从哥白尼的拉丁文版本翻译过来的。这些是书信集中的最后三封信：

第83封信——安提诺乌斯致安姆佩利纳斯（田园）
葡萄收获的季节将至，饱满的葡萄充满甜汁。所以，要小心警惕马路，带一只能干的克里特岛的狗儿做伴。因为流浪者的双手随时准备着摘葡萄——把农民那汗水的成果夺走。

第84封信——克里希帕致索西帕特（爱情）
你被爱情的网困住，索西帕特，你爱安苏西亚。你向美丽少女流露爱情的双眼那么值得赞美。不要抱怨说爱情征服了你，因为你为爱情付出的劳苦将给你带来更大的喜悦。虽然眼泪属于悲伤，但爱情的眼泪却很甜蜜，因为它们混合着欢乐和愉悦。爱神们带来喜悦也带来悲伤，维纳斯备好了多样的激情。

第85封信——柏拉图致狄奥尼修斯（道德）
如果你想要获得控制悲伤的能力，那么就在墓园徜徉。在那里你将找到治愈你的病痛的良方。同时，你将认识到，即使是人类最极致的幸福也无法在墓地中幸存。

究竟是地上或天上的什么，让哥白尼教士花费精力去翻译这些浮夸的陈词滥调？他不是一个学生，而是一个成熟的男人；不是一个粗野的乡下人，而是一个在意大利生活了10年的人文学者和朝臣。

下面是他对这个奇怪选择的解释——在他致献给卢卡斯舅舅的序言中：

致瓦尔米亚最受尊敬的卢卡斯主教
尼古拉·哥白尼奉上

祖国最受尊敬的主教大人和神父

在我看来，学者塞奥非拉克特极为成功地编辑了这些道德、田园和爱情方面的书信。在作品中可以看出，他觉得丰富多样的东西是讨人喜欢的，因此也应该是人们爱看的。人们的偏好各异，因此令他们喜悦的事物非常不同。有人喜欢严肃的思想，有人喜欢轻松的；有人喜欢一本正经，有人喜欢幻想。因为大众对这些不同的东西产生喜欢的感觉，因此塞奥非拉克特在严肃的话题和轻松的话题、轻薄与真挚之间交替，让读者仿佛身在花园，可以选择最能取悦他的花朵。但塞奥非拉克特表现出来的东西带给我们许多裨益，这使他的散文诗看起来不像书信，而像约束人们生活的规则和戒律。证据就是这些书信的内容及其简洁性。塞奥非拉克特从不同的作家那里选择材料，编辑成简短精悍、具有教化意义的形式。道德和田园书信的价值不可否认。也许爱情的书信会让人有不同的判断，因为其主题的原因，这些信件看似快乐轻佻。但是，就如医生给苦药添加甜味的用意是减少患者服药的痛苦那样；即便添加这些轻松愉快的书信是出于这个原因，它们也非常纯真，可同样被称为富有教育意义的书信。在这种情况下，我认为塞奥非拉克特的书信集只有希腊语的文本，这对读者是非常不公平的。为了让这些书信能被更多的人读到，我尝试尽力将它们译为拉丁文。
我最尊敬的主教大人，我将这本小书致献给您，这与您赐予我的恩惠并无关系。我将我的头脑所能实现的成就视为您的财产；因为毫无疑问，这就是奥维德曾致敬恺撒·日耳曼尼库斯时所说：
“您的目光所及之处，我的灵魂跟着起落。”
我们必须记住，这是一个精神上正在发酵、知识上正在革命的时代。若将哥白尼教士的品位和风格和他同时代的杰出人物伊拉斯谟与路德，梅兰希顿与罗伊希林，甚至是哥白尼所在的瓦尔米亚的但提斯克斯主教比较，都会令人倍感沮丧。然而，这项翻译工作并非一时的心血来潮。如果我们仔细研究此事，选择无名的塞奥非拉克特是十分精明的选择。因为在这个时期，翻译重新发现的古希腊文本被认为是人文学者最首要和最崇高的一项任务。正是在这个时期，伊拉斯谟翻译了希腊文的《圣经新约》，揭示了罗马通行的《圣经》文本的堕落，“对于将人们的思想从神职人员的束缚中解放出来做出了极大的贡献，胜于路德的一众小册子所发出的呐喊和怒吼”；也是在这个时期，对希波克拉底和毕达哥拉斯学派的重新发现，实现了另一种类型的理性解放。

第一次隐晦地提及哥白尼系统，是在尼古拉教士于海尔斯堡或刚到弗龙堡时写的一篇短论文中。我前面曾提到过，这篇论文仅以手稿的形式在传播，标题为
尼古拉·哥白尼天球运动假说纲要。
这篇论文开篇是一段历史介绍，在其中哥白尼解释说，托勒密的宇宙系统不尽如人意，因为它不符合古人关于每个行星应该做完美的匀速圆周运动的基本要求。托勒密的行星是在做圆周运动，但不是匀速。“我认识到这些缺陷后，就常常思考是否有可能找到一种更合理的轮圈的组合……一切都是围绕其应有的中心做匀速运动，就如绝对运动的法则所要求的那样。”接着哥白尼声称，他已经构建出了一个系统，以比托勒密系统简单得多的方式，解决了“这个非常困难、几乎不可解决的问题”，条件是要符合某些基本假设或公理，一共有七个。接着，他直截了当地给出了他的七个革命性的公理，翻译成现代语言如下：
1. 天体并不围绕同一个中心转动；
2. 地球不是宇宙的中心，只是月球轨道和地球重力的中心；
3. 太阳是行星系统的中心，因此也是宇宙的中心；
4. 相比于恒星之间的距离，地球到太阳之间的距离可以忽略不计；
5. 天空每天的视旋转是因为地球的自转；
6. 太阳每年的视运动是由于地球和其他行星一样围绕太阳旋转；
7. 诸行星的 “停滞和逆行”是由于相同的原因。
接着，他用七个短小的章节，简略地描述了太阳、月球和行星的新的轮圈和本轮，但没有给出任何证据或数学证明，证明“将在我更详尽的书中给出”。论文的最后一段自豪地宣布：
那么水星总共有7个轮圈；金星有5个；地球3个；围绕地球的月球有4个；火星、木星、土星各有5个。全部加起来有34个轮圈，足以解释宇宙的整个结构和行星的全部舞蹈。

在16世纪，消息传得又快又远。人类的脉搏正在加快，就仿佛我们的地球在穿越太空的旅途中，刚刚通过了宇宙中某个昏昏欲睡、茫然困惑的区域，正在进入一个沐浴在生机勃勃的光线之中，或是在星际尘埃中充满了宇宙苏醒剂的区域。它似乎同时作用于人类的神经系统的各个层面，既作用于高级的中心，也作用于低级的中心，就像一种兴奋剂、催欲剂，表现为精神上的饥渴、头脑中的渴望、感官的渴求、激情的毒性释放。人类的腺体似乎在产生一种新的荷尔蒙，使得一种异常的贪婪突然激增——那就是好奇心，孩子的那种既天真又露骨，既具创造力又有破坏性，生吞活剥般的好奇心。
新型机器——活字铸造术和印刷机——的出现，有助于满足这种吞噬性的好奇心，潮水般的大幅报纸、通讯稿、年鉴、杂志、张贴文章、小册子和书籍大量涌现。它们以前所未有的速度传播着信息，扩大了人与人之间的交流范围，打破了社会隔离。大幅报纸和宣传册产生的影响不限于读到它们的人；事实上，每一个印出来的字都像一粒落入池塘的鹅卵石，扩散开流言和传闻的涟漪。印刷机只是知识和文化传播的终极来源，这个过程本身是复杂而间接的，是一个稀释、扩散、扭曲的过程，它的影响范围不断扩大，也波及迟钝者和不识字的人。甚至在三四个世纪以后，马克思和达尔文的学说，爱因斯坦和弗洛伊德的发现，也没有以其原始的印刷文本的形式到达绝大多数人的手中，而是通过二手和三手的来源，通过传闻和流言。塑造一个时代基本面貌的思想革命不是通过教科书来散播，它们像流行病一样，通过看不见的介质和无辜的细菌携带者，通过各种形式的接触，或者仅仅是呼吸公共场所的空气而得以传播。

我们所说的哥白尼革命并不是由哥白尼教士本人所发起的。他的书并不是为了发起一场革命。他知道，这本书的很大一部分是不可靠的，与证据相违背，而且其基本假设也是无法证明的。中世纪式的思想上的分裂使得他的头脑中只有一半相信这本书的内容。此外，他不具有先知的必备素质：使命意识、独到的眼界和坚持信念的勇气。
作为个人的哥白尼教士与被称为哥白尼革命的事件之间的关系，在他将自己的书题献给教皇保罗三世的献辞中得到了概括。这段话说道：
尊敬的圣父，我有充分的理由相信，有些人读了我的《天球运行论》，知道了我将某些运动归于地球之后，他们就大喊大叫，说我有这样的观点，就应该立刻被轰下讲台……因此我犹豫了很久，不知道是否该发表我写的这些用以证明地球之运动的观点，或者是否应该遵循毕达哥拉斯学派等人的先例，他们习惯于将他们的哲学奥义仅讲授给密友，不是以书面形式，而是通过口口相传，从吕西斯写给喜帕恰斯的信中可以看到这一点……因为这些原因，还有对这些［显然］荒谬的新观点会遭人嘲笑的担心，我几乎决定要放弃我的研究。
接着，他继续解释说，全因朋友持续不断的责备和劝告，他最终被说服，出版了这本他藏起来不愿公开的、藏了“不是9年，而是4个9年的时间”的书。

雷蒂库斯先就报告的姗姗来迟致歉，然后解释说，到目前为止，他只有10个星期来研究老师的手稿；手稿涵盖了天文学的全部领域，共有6册。目前他只掌握了其中的3本，理解了第4本的大概思想，而对最后2本只有一个粗略的了解。然后，他熟练地讲述了哥白尼系统，显示出他对这个主题的熟悉和思想的独立性，他没有遵从哥白尼手稿的章节顺序，而是代之以对其内容精要的介绍。在其中，雷蒂库斯插入了一段关于占星术的插曲，其中讲到，罗马帝国和穆斯林帝国的兴衰，基督复临，都直接取决于地球轨道的偏心率的变化。他还介绍说他估计宇宙的寿命为6000年，与先知以利亚的预言相符。
哥白尼本人似乎并不相信占星术，但雷蒂库斯相信，梅兰希顿和舒伦相信，当时的大多数学者也都相信。鉴于这段提及以利亚和基督复临的内容的目的是取悦他们，因此哥白尼显然没有提出异议。
在雷蒂库斯的叙述中还穿插了常常引用的亚里士多德和柏拉图语录，关于古人非凡智慧的颂词，以及对他口中的“吾师”从未想过要违背的权威的声明：
如果我由于年轻气盛曾说过任何话（他说，我们年轻人总是心气高，而这不见得有用），或是无意间流露出某些似乎针对珍贵和神圣的古代事物，也许就这个主题的重大和庄严而言显得过于大胆的言辞，我毫不怀疑，你们肯定会对这个问题有善意的解释，而且会牢记我对你们的感情，而不是我的错误。至于我学识渊博的老师，我希望你们知道并充分相信，对他来说，最好不过、最重要不过的，就是去遵循托勒密的足迹，并像托勒密一样，遵循古人以及那些更早的先人的足迹。然而，当控制天文学家的现象……强迫他违背自己的意愿去做出某些假设的时候，他认为，即使他所使用的弓箭的材料与托勒密所使用的弓箭是大相径庭的，只要他用与托勒密相同的方法，把他的箭瞄准与托勒密相同的目标，这就已经足够了。
然而，雷蒂库斯接着做出了一个讨人喜欢却不合逻辑的结论：“这时我们不该忘记那句：‘希望有所了解的人，一定要有一个自由的头脑。’”

1542年末，哥白尼教士脑出血，接着半身瘫痪，永久地躺在了床上。1543年初，但提斯克斯写信给在鲁汶的天文学家赫马·弗里修斯，说哥白尼已在弥留之际。但在几个月后的5月24日，死神才最终到来。几周后，在一封致雷蒂库斯的信中，吉泽仅以一句悲伤的话记录了这一事件：
许多天以来，他已经失去了记忆和活力，在他去世的那一天，在最后一刻，他才看到他完成的书。
我们知道，人的心灵有一种力量，它能够吊住一丝活气，在一定限度内推迟身体的死亡。哥白尼的思想一直在游离，但也许其中残留有足够的决心，能坚持到他的手终于得以摩挲他的书的封面的那一刻。
他在最后阶段的思想状态，可以用托马斯·阿奎那的一段文字表达，这段话是阿奎那草草写在一张书签上的，字迹细小，歪歪扭扭：
Vita brevis, sensus ebes, negligentiae torpor et inutiles occupationes nos paucula scire permittent. Et aliquotiens scita excutit ab animo per temporum lapsum fraudatrix scientiae et inimica memoriae praeceps oblivio.
生命的短促、感觉的迟钝、冷漠带来的麻木与报酬微薄的种种营生，令我们所知甚少。然而，一次又一次，飞速的遗忘——知识的盗贼和记忆的敌人——随时间流逝，把我们一度所知的也从头脑中掏空。
为哥白尼所立的最早的纪念碑，设在他的家乡托伦的圣约翰教堂，上面有一段奇特的铭文，据说是从他的物品里发现的一张字条上抄来的。这是埃涅阿斯·西尔维厄斯的一首诗：
Non parem Pauli gratiam requiro, Veniam Petri neque Posco, sed quam In crucis ligno dederas latroni, Sedulus oro.
我不渴求保罗获赐的恩典，
也不奢望彼得所得的宽恕，
我热切地祈祷，但求赦免
正如您曾赦免那些被钉在十字架上的盗贼那样。

另有一段更接地气的铭文，出现在17世纪哥达的一位名叫克里斯蒂安·韦穆特之人所打造的一个铜制圆牌上。正面是一个半身像，铭文为：“数学家尼古拉·哥白尼，1473年生，1543年卒。”圆牌背面是一首德文的四行诗：
Der Himmel nicht die Erd umgeht
Wie die Gelehrten meynen
Bin jeder ist seines Wurms gewiss
Copernicus des seinen.
天空不绕地球转，
即便博士如此言；
人人注定见蛆虫，
哥白尼也难幸免。
在法兰克尼亚当地的方言中，“koepperneksch”一词仍然表示牵强、荒唐的建议。

《天球运行论》的手稿共有212张小对开本的纸张。既没有作者的姓名，也没有任何的序言文字。
印本的第一版以奥西安德的序言开始，随后是红衣主教勋伯格的信和哥白尼给保罗三世的献辞。
整部书分为6卷。
第1卷包括理论大纲，接着是讲述天球三角学的两章。第2卷全部讲述的是天文学的数学原理。第3卷讲述了地球的运动。第4卷是月球的运动。第5和第6卷是行星的运动。
第1卷的前11章全面陈述了这部著作的基本原则和规划，可归纳如下。宇宙占据了有限的空间，其边缘由恒星所界定。太阳在中心。恒星与太阳都静止不动。围绕太阳旋转的行星依次分别是水星、金星、地球、火星、木星和土星。月球围绕地球旋转。整个天空每天的视旋转是由于地球围绕自身轴线在自转。太阳每年在黄道上的视运动是由于地球在其轨道上每年公转一周所致。行星的停滞和逆行也是由于相同的原因。季节变化的轻微不规则性和其他轻微的不规则运动，是由于地球轴线的“振动”（振荡、摆动）。
这个理论大纲占据了开头的不到20页，或者说整本书的5%。剩下95％讲的是这个理论的应用。这些讲完之后，这个原创学说就基本讲完了。可以这么说，在这个过程中这个理论自我毁灭了。这可能就是为什么在书末没有任何总结、结论，或某种结束，尽管在文中一再地承诺会有一个结论。
在开头（第1卷第10章），哥白尼指出：“太阳安坐在宇宙的中心……它坐在王位上，掌管着围绕它旋转的行星家族……我们因此在这种安排中发现宇宙令人敬慕的和谐。”但在第3卷中，当谈到使理论与实际观测结果相符合时，地球不再绕太阳旋转，而是围绕空中距太阳约3倍于太阳直径的一个点旋转。行星也不再像每个小学生都认为是哥白尼说的那样，围绕太阳旋转了。行星在环环套叠的本轮上转动，不是以太阳为中心，而是以地球轨道的中心为中心。因此，有两个“王位”：太阳，以及在空中的那个地球围绕其旋转的假想点。一年，也就是地球围绕太阳运转一周所需要的时间，对所有其他行星的运动有决定性的影响。总之，对于太阳系的运转而言，地球的重要性与太阳等同，事实上与亚里士多德系统或托勒密系统中的地球几乎同样重要。

事实上，哥白尼对圆周和球体正统理论的推进已经超过了亚里士多德和托勒密。在他试图通过物理上的论证来证明地球的运动时，这就已经很明显了。他说，反对者可能会说，所有的重物都被宇宙中心吸引，但是如果地球动了，地球就不再位于中心。针对这种反对意见，他回答如下：
其实在我看来，重力乃是一种自然的趋向，被造物主施加于物体的各个部分，使它们组合起来形成球体，从而促成它们的联结和完整。我们可以相信这个属性也存在于太阳、月球和众行星上，从而使它们尽管具有不同的运动轨迹，却能保持球形。
如此，整体的各个部分因为想要构成一个完美的形状而抱成了一团。重力在哥白尼看来，就是想要变成球体的一种愿望。
其他的经典反对意见主要是，如果地球在运动，下落的物体就会被地球“落在后面”；大气层也将被抛在后面；由于旋转产生的破坏性力量，地球自身也会分崩离析。对于亚里士多德主义的这些反对意见，哥白尼回以对亚里士多德理论的更正统的诠释。亚里士多德对“自然”运动和“受迫”运动加以区分。哥白尼说，自然的运动不可能导致受迫的结果。地球的自然运动是旋转，由于是球形，它无法不旋转。它的旋转是它作为球形的自然结果，就像重力是对球形的自然向往。
但是，假设地球在动，这个运动应该是自然的，而不是受迫的。按照自然本性发生的现象与因为外力的作用而发生的现象，两者产生的结果相反。承受暴力或力量的物体会分裂，其系于一体的状态无法持久。但按照自然发生的所有现象都恰当地发生，并且令事物保持其最佳状态。因此，托勒密担心地球及地球上的万物由于旋转会分崩离析，这是毫无根据的，因为旋转是一种自然的作用，完全不同于人为的或者人类智慧创造出来的设计……
总之，地球的旋转不会产生离心力。
在这段学术戏法之后，哥白尼又开始逆向论证：如果宇宙以快得多的速度围绕地球旋转，岂不是分崩离析的危险更大？但显然，在哥白尼自己的论证中，自然旋转是不具有破坏性的，在这种情况下宇宙也同样是安全的，因此这个问题仍然悬而未决。

从13世纪起，人文主义者、怀疑论者和改革派开始在这个稳定和静态的宇宙的墙壁上凿洞。他们在各处敲下碎片，放进了气流，松动了框架。但它仍然矗立着。邓恩口中的“小数学家”没有用头撞门，他没有正面进攻，他甚至都没有意识到他是在进攻。他是个守旧者，在中世纪的大厦中感到非常舒适，但他比怒吼的路德更有效地削弱了它的基础。他把无限和永恒变化的破坏性观念放了进来，就像溶解性的强酸一般摧毁了我们熟悉的宇宙。
他并没有说宇宙在空间上是无限的。他以他一贯的谨慎，情愿“把这个问题留给那些哲学家”。但他使地球而不是天空旋转起来，因而在无意中改变了思想的潜意识习惯。只要我们认为是天空在旋转，我们头脑中就会自动假定天空是一个坚实有限的天球——否则它如何能作为一个整体每24个小时旋转一圈？然而一旦天空每日的视旋转用地球的自转来解释，星体就可以存在于任何距离之上；现在再把它们放在一个立体的天球上就变成了一种武断的、没有说服力的做法。天空不再有界限，无限性张开了无边的巨口，帕斯卡的“自由思想者”染上了宇宙的广场恐惧症，将在一个世纪后呼号：“无限空间的永恒沉默使我恐惧！”
无限空间不是哥白尼系统的一部分，但其中隐含了这个概念。它把人的思想不可抗拒地推向那个方向。明显的后果和无意识地隐含的后果之间的区别，在哥白尼对宇宙的形而上学的影响中更加明显。如我们所知，亚里士多德物理学已经分崩离析，而哥白尼是它的最后一位正统的捍卫者。但是，在一个最基本的方面，它仍然主宰着人类的头脑，就如一个不言自明的命题或一个出于信仰的行动一样，我们可以称之为宇宙的地貌图。而哥白尼，这位亚里士多德的捍卫者，在无意中摧毁了这个基本图样。

亚里士多德的宇宙是集中式的。它有一个重力的中心，一个硬核，所有运动都以它为参照。一切有重量的物体都落向中心，一切轻飘的东西，如火和空气，都试图远离中心；而星体，既不重也不轻，属于完全不同的性质，则围绕中心做圆周运动。这个架构的细节无论是对是错，都是一个简单、合乎常理、令人心感安慰的有序架构。
哥白尼宇宙不仅向着无限扩展，同时还是分散化、复杂无序的。它没有一个方向上的自然中心，一个万物可以参照的中心。所谓的“上下”在方向上不再是绝对的，沉重和轻飘也不再是绝对的。之前，一块石头“重”意味着它倾向于落向地球的中心，这就是“重力”的含义。现在太阳和月球成为自己的重力中心。空间中不再有任何绝对意义上的方向。宇宙已经失去了它的核心。它拥有的不再是一个心脏，而是千万个心脏。
稳定、静止、有序而令人安慰的感觉消失了；地球自转、摆动、旋转，同时有着八九种不同的运动。而且，如果地球是一颗行星，变化的月下区域和超凡的天界之间的区别也就消失了。如果地球是由四大元素所构成的，那么行星和恒星也可能有着相同的土、水、火、气的性质。甚至可能有其他类型的人类在上面居住，就如库萨和布鲁诺所声称的那样。在这种情况下，上帝是不是得在每一个星体上都降临一次呢？上帝难道就是为了数以百万计星球中的某一个星球上居住的生灵而创造了这个巨大而多重的世界吗？
所有这些问题都并没有在《天球运行论》中提出，但所有这些都隐含在了书中。所有这些问题都不可避免，迟早会被哥白尼学说的追随者们提出来。

【第三部年表】